《Nature Genetics》大数据描述日本人的免疫力
基因广泛地分布在不同染色体上，人们发现，许多免疫系统相关基因特异性地聚集在人类第6号染色体上，这一区域被称为组织相容性复合体（MHC）区域。该区域的基因密度使研究人员很难描述它们的特征及其影响，新技术和拥有大量人口数据的大型生物库为深入探索打开了大门。
发表在《Nature Genetics》杂志上的一项重要的新研究，由大阪大学的研究人员和他们的同事们特别调查了日本人群的MHC区域，揭示了不同基因变体的存在，及其与疾病和其他性状之间的联系。
该小组根据三组数据进行分析。其中一个是高通量测序获得的33个决定1000多个日本人白细胞表型的基因序列信息；第二个是全基因组关联研究数据，该研究着眼于整个基因组区域之间的联系，以及17万个日本人的特征和疾病；第三组数据来自100多个表现型的医疗记录，反映了临床症状和其他特征。
“我们的多重分析首先揭示了人类白细胞抗原（HLA）基因的多态性水平，然后使用机器学习方法将这种多态性的总体模式划分为11个不同的群体，”文章一作Jun Hirata说。“这提供了对MHC区域遗传景观的深入了解，并表明‘非经典’HLA基因也应该包括在描述该基因组区域功能效应的工作之中。”
在调查了日本人整个MHC区域的全部变异后，研究小组随后重点澄清了这些变异与不同特征和疾病之间的联系。为此，他们参考了17万日本人的106种不同表型（包括46种复杂疾病）的医疗记录数据。这些表型中约有一半与本研究提到的基因有显著相关性。研究表明，单基因影响MHC区域多重性状是很常见的，这种现象被称为“多效性”。
“我们的研究表明了不同白细胞类型对日本人健康的重要性，”通讯作者Yukinori Okada说。“我们构建的交叉表型网络也显示了以往不确定的健康状况之间的相关性。”
这项工作的主要发现包括，非经典HLA基因的临床重要性以及MHC单倍型的基因变异影响，为今后免疫系统基因组相关危险因素研究提供了坚实的基础。
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