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小分子与蛋白相互作用的方法有哪些

2021.11.05

在生物化学中,涉及到蛋白质与配体(包括蛋白质结合小分子,酶催化底物和抑制剂结合等等)的相互作用时,有不少衡量相互作用的生化指标,其中包括 Ki值(抑制常数),Kd值(解离常数),Km值(米氏常数)
1) Kd值:dissociation constant
针对的是蛋白质与小分子(如LAC等),指的是解离常数,单位是M.该常数反映了与蛋白质结合的小分子的解离速率,也直接决定蛋白质与小分子的亲和力(affinity)。是定量描述蛋白质与小分子结合的主要生化指标。
2) Ki 值:inhibitor constant 针对的是蛋白质与抑制剂,指的是抑制剂常数, 单位是M.
与Kd值的计算一样,反映出抑制剂与蛋白质的结合紧密程度。
3) Km值:是针对酶与底物的催化反应,Km指的是米氏常数(为了纪念Michaelis和Meten),是由一些速率常数组成的复合常数,等于酶的反应速率达到反应速率的一半时的底物浓度,单位是M.
这几个常数,Kd与Ki,按照我的理解来说差别不大,只是Ki代表的是抑制剂与蛋白质的Kd,本质上无差异。Km值的推导Km值的推导比Kd,Ki要复杂,主要在于酶的催化过程,不仅包括前面的结合,还有后续的催化得到新的底物,这与前面的单一可逆过程是有区别的。

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