第三届全国生物质谱学术交流会圆满闭幕
朱云平研究员 军事医学科学院放射与辐射医学研究所
题目：蛋白质/翻译后修饰鉴定的数据质量控制
孙瑞祥副研究员 中国科学院计算技术研究所
题目：电子转运裂解(ETD)质谱的特征发现及其在pFind搜索引擎中的利用
国防科技大学机电工程与自动化学院 谢红卫教授
来自国防科技大学机电工程与自动化学院的谢教授在题为《蛋白质组学中质谱数据定量分析方法研究》的研究报告中指出，其所在研究组利用一系列大规模定量分析的数据集，包括稳定同位素标记和进行重复实验的无标记定量数据，进行了一系列分析和研究，主要取得的认识和结果包括：(1)总结了无标记和稳定同位素标记定量数据分析的典型流程，并且结合实际的数据分析结果，初步研究了各种分析流程优势和问题；(2)利用实际实验数据，初步研究了同位素分布实验误差和质荷比误差等对定量分析参数选择有重要影响的问题；(3)针对定量计算速度慢的问题，提出了索引文件和基于hash表的信息检索方式，将定量计算的时间缩短为原来的1/10；(4)设计了一种可逆的色谱保留时间对齐模型，大大缩短了无标记定量数据处理中色谱保留时间对齐的计算复杂度；(5)提出了一种以信号强度为参量的差异分布模型，能够提高差异检验的灵敏度；(6)开发了无标记定量软件LFQuant、标记定量软件SILVER，已经无鉴定定量分析工具XICFinder。其中SILVER能够支持自定义标记方法，提供了图形化界面。LFQuant速度和定量精度等性能经过了多次优化。
中国科学院大连化学物理研究所 叶明亮研究员
来自中国中国科学院大连化学物理研究所的叶明亮研究员主要介绍了有关《多层次蛋白质磷酸化分析中的数据处理新方法的研究》的报告，分别从组学层次、节点层次和网络层析这三个方面介绍了蛋白质磷酸化分析的数据处理方法。
在节点蛋白质的磷酸化分析方面，叶老师所在研究组发展了一种基于改进的目标-伪数据库用于数据检索，来高覆盖率、高可靠鉴定简单蛋白样品中的磷酸化位点信息的方法。这种改良的数据库的一个重要优点是比常用的蛋白组数据库小很多，对于用低特异性酶切产生的肽段的多级质谱图，可以十分有效的缩短搜索数据库的时间。
在组学层次上，针对磷酸化蛋白质组学中磷酸化肽段鉴定难，假阳性率高，主要依赖于人工验证的现状，发展了一种结合MS2和MS3图谱以及正伪数据库检索的自动磷酸化肽段鉴定方法。利用这种方法，结合磷酸肽的多维分析已经可以从人肝组织中鉴定超过8000个磷酸化位点。
在网络层次主要是揭示激酶与底物蛋白质上磷酸化位点的对应关系，是我们今后研究的一个重要方向，目前已经在与合作者利用生物信息学的方法模拟构建磷酸化网络图。
谢鹭研究员 上海生物信息技术研究中心
题目：重构磷酸化介导的细胞信号传递网络
