E.coli基因文库的分类和选择
文库种类
Dharmacon 大肠杆菌资源库包括大肠杆菌Keio基因敲除文库，监测基因表达的启动子-GFP融合文库，以及用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的标记ORF文库。
大肠杆菌（E.coli）基因cDNA&ORF文库
（1）大肠杆菌Keio基因敲除文库（E.coli Keio Knockout Collection）
大肠杆菌Keio基因敲除文库包含一组大肠杆菌K-12中所有非必需基因的单基因敲除突变体。共计3985个基因，每个基因有两个独立的缺失菌株，共产生7970个菌株；每一个被删除的基因被一个卡那霉素抗性盒所取代，该盒侧翼带有FRT位点可被FLP重组酶识别并切除。大肠杆菌Keio文库不仅是系统功能基因组学的资源，而且可以作为一些反向遗传学方法的工具。与突变体表型与相应基因相关的正向遗传方法相反，Keio文库允许分析与基因功能完全丧失相关的后果。
（2）大肠杆菌启动子文库（E.coli Promoter Collection）
Weizmann Institute of Science的研究人员建立了大肠杆菌菌株库，能够在活细胞中实时检测基因表达。每个报告菌株都标记了明亮的、快速折叠的绿色荧光蛋白（GFP），融合到低拷贝质粒中大肠杆菌启动子的全长拷贝上。这个文库包括大肠杆菌K12菌株MG1655的1900多个启动子（整个基因组有2500个启动子），并且能够以高精度和重复性地实时检测基因表达。使用FACS或延时荧光显微镜在多孔板中进行实验，测量单个细胞中的基因表达，灵敏度高。
（3）大肠杆菌标记ORFs（E.coli Tagged ORF）
多伦多大学的Andrew Emili和Jack Greenblatt实验室发布的Dharmacon™ SPA-and-TAP标记的大肠杆菌文库，旨在促进蛋白质-蛋白质相互作用的研究。共成功标记了857个蛋白，包括198个必需蛋白和保守蛋白。超过四分之一的蛋白质已被源实验室成功纯化。
参考文献：
1. K.A. Datsenko, B.L. Wanner, One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products. PNAS. 97, 6640-6645 (2000).
2. S. Kalir et al., Ordering genes in a flagella pathway by analysis of expression kinetics from living bacteria. Science.292, 2080–2083 (2001).
3. A. Zaslaver et al., Just-in-time transcription program in metabolic pathways. Nature Genetics.36, 486–491 (2004).
4. G. Butland et al.,Interaction network containing conserved and essential protein complexes in Escherichia coli. Nature. 433, 531–537 (3 February 2005).
