大数据：助力判定癌症驱动基因！
目前已知超过100个新的癌症驱动基因，帮助解释了怎样的肿瘤驱动会造成：相同的癌症基因导致不同的病患！
在一项由Sanford Burnham Prebys医学发现研究所(SBP)引导下的协作研究中,研究人员结合两个公开的“组学”数据库创建一个新的目录“癌症驱动者”。当癌症驱动基因的改变造成癌症的继续。研究人员通过改变正常的蛋白质相互作用(PPI)的接口，使用癌症突变和蛋白质结构数据库来判定患者的肿瘤突变。这项研究发表在近期的PLos的计算机生物学版面上，已鉴定超过100个新的癌症驱动基因，帮助解释了怎样的肿瘤驱动造成：相同的癌症基因导致不同的病患。
“这是第一次将蛋白质三维的特性用于识别在大型癌症基因数据集的癌症驱动基因,如质子泵抑制剂,”据文章作者，SBP的博士后研究员爱德华博士说, SBP博士后研究员。“我们发现71年以前未被识别的蛋白质作为癌症驱动基因,代表了潜在的新癌症预测标记和/或药物靶点。我们的分析同时也辨认出几个已知癌症基因的驱动入口，比如TP53, HRAS, PI3KCA 和 EGFR，证明我们的方法能找到相关的癌症驱动基因和改变蛋白接口是一种常见的癌症发病机理。”
癌症也通常是由于DNA突变的积累造成的。到目前为止，科学家们致力于找到导致癌症的个体基因和细胞的改变途径。但是，通过最近国立卫生研究院(NIH)大力推进鼓励数据共享，导致了大规模地分析基因、临床的分子数据时代的来临，这能更好地解释和预测患者结果，同时也能找到新的药物靶细胞去阻止、治疗、甚至治愈癌症。
“在这项研究中我们使用了一个扩展版的电子驱动,我们专有的计算方法确定癌症驱动因子的蛋白质区域。
我们的综合肿瘤数据来自近6000个病患的癌症基因组图，超过18000个来自蛋白质资料库的蛋白质三维结构，”SBP的生物信息学和结构生物学的的主管亚当博士说。“这个算法分析了PPI接口的改变是否增加了癌症的突变，同时因此辨认出那个是癌症驱动基因的候选者。”
“基因不是整体的黑盒子。他们有不同的区段来编码不同功能的蛋白质。当一个蛋白的特定区域发生突变时, 可能一个给定的蛋白质只充当一个癌症驱动者。”亚当博士解释说。“我们的方法帮助辨认出新的癌症驱动基因，同时提供分子假说来解释肿瘤怎样由相同的基因驱动却有包括患者特征在内的不同的分级。”
“有趣的是，我们还辨认出很多包括免疫系统在内的潜在癌症驱动基因。随着免疫系统在癌症发展中的重要性的增加，我们在此项研究提供新的视角，对于免疫基因的影响将是最大。”
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