浙理工大：芯片和降解组测序揭示掌叶半夏miRNAs新信息
掌叶半夏（Pinellia pedatisecta）是中医中最重要的中草药之一，可治肿毒，具有止呕，化痰，消肿，止痛等功能。MicroRNAs（miRNAs）是内源性非编码小RNA，在植物基因表达调控中发挥关键作用。但目前在miRBase上仍没有掌叶半夏的microRNAs信息，并且对其相关生物学功能的研究仍然不足。近日，浙江理工大学的徐涛教授领衔的团队对掌叶半夏的miRNAs进行了深入研究，研究成果发表在9月刊的PLoS One上。
为了检测掌叶半夏中的miRNA并分析其与半夏miRNA的表达差异，研究人员根据miRNAs的保守性，从miRBase数据库上搜集了43个植物物种的成熟体miRNAs序列，采用定制化miRNA芯片对掌叶半夏的miRNAs进行检测（定制化miRNA芯片服务由联川生物完成）。从掌叶半夏和半夏中检出共有的属于22个miRNA家族的101个miRNAs，其中有21个miRNAs在两个品种间存在表达差异。研究人员进一步对差异表达miRNAs的靶基因进行GO富集分析，发现这些miRNAs主要影响复制，转录因子活性和植物发育过程。
为了阐明miRNA的靶向调控功能，研究人员从掌叶半夏叶子中构建了一个降解组文库，并对其进行高通量测序（降解组测序服务由联川生物完成）。结果表明，共有18个转录本被鉴定为miRNA的靶基因，进一步分析表明，miR156和miR529可能共同抑制SPL14（SBP-box基因家族）发挥作用。
本研究为进一步研究掌叶半夏中miRNA与其靶基因的调控作用打下了扎实的基础。
* Dong M, Yang D, Lang Q, Zhou W, Xu S, Xu T. (2013) Microarray and Degradome Sequencing Reveal MicroRNA Differential Expression Profiles and Their Targets in Pinellia pedatisecta. PLoS One 25；8(9):e75978.. [article]
来源：杭州联川生物信息有限公司
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