姐妹染色单体不同体现在三个方面
其一，姐妹染色单体是由一个着丝点连着的并行的两条染色单体，是在细胞分裂的间期由同一条染色体经复制后形成的，在细胞分裂的间期、前期、中期成对存在，其大小、形态、结构及来源完全相同(但经过四分体时期的交叉互换后，会产生差异），就像连体的同卵双胞胎姐妹婴儿；而染色单体应指细胞中全部的姐妹染色单体，它们的大小、形态及来源不一定相同。因此，对姐妹染色单体在细胞中的数量应以几对数来叙述，就像几对同源染色体一样，而不宜用个数。
其二，细胞中每对姐妹染色单体之间的化学组成是一致的，DNA分子的结构相同，所包含的遗传信息也一样，而染色单体之间所携带的DNA分子结构及遗传信息就不一定相同了。
其三，在有丝分裂和减数第二次分裂的后期，每对姐妹染色单体都随着着丝点的分裂而彼此分开(就像连体的同卵双胞胎婴儿经手术后形成两个独立的人一样)此时不存在染色单体。
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