荧光原位杂交用于基因染色体定位和基因图谱绘制
目前应用的基因定位的主要方法是FISH。分离到的DNA序列直接通过FISH,同时采用多种颜色荧光素的标记探针，结合中期染色体和间期细胞方面的信息，可快速确定一-系列DNA序列之间的相互次序和距离，完成基因制图。用不同颜色炎光索标记2个不同的DNA链，而且他们在染色体上的距离大于1Mbp时，可以依据不同探针信号的排列关系分辨他们在染色体上的顺序。
若采用5-溴脱氧尿嘧啶（ 5-Burd ）处理细胞，能够获得高分辨显带的染色体，提高DNA链标记到染色体上的分班能力。如使用间期细胞，2个DNA链的距离可以缩短至50kb,这个间距是染色体上分辨距离的1/20,不同探针的次序可以通过测量间期细胞的距离来确定。确定DNA链在染色体上的精细位置适用于检在某些特殊的染色休易位和缺失。标记同一-DNA链与不同种属细胞的染色体杂交，可以找出不同种属之间的同源基因以及基因在染色体上的位置，从而了解种属之间的进化关系。
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