国家基础研究重大科学研究支持方向发布
2.蛋白质相互作用网络与信号转导
针对某种重要生理或病理过程，重点开展生物大分子复杂网络的结构及其动力学分析;开发整合基因调控网络、蛋白质网络、代谢网络和信号转导网络的计算生物学方法。
3.重要蛋白质、蛋白质复合物及膜蛋白的结构与功能
重点研究与能量转换和膜转运相关蛋白质、受体蛋白及通道蛋白，以及与真核基因表达调控、DNA损伤修复、氧化应激、神经信号转导相关的蛋白质及其复合物的结构及调控机制，同时关注上述蛋白质及复合物三维结构与生理功能和疾病发生过程的关系。
4.重要生理或病理过程相关的蛋白质组研究
针对重要动植物、微生物和人类重要生理或病理过程，进行动态和比较蛋白质组研究，阐明其中重要功能蛋白质群(组)的变化规律及其生理、病理学意义。
基于与欧盟第七框架计划合作的中欧科技合作协议，开展重大疾病发生发展过程中的蛋白质修饰及其动态变化研究，规模化筛选磷酸化、糖基化、泛素化、甲基化等修饰蛋白质及相关酶，发现并发展系列诊断标志物和治疗靶标。(委托重点基地)
5.代谢调控及相关疾病的分子机理
研究机体代谢的分子调控机制及其在重要生命现象和重大疾病发生过程中的生物学功能，阐明代谢调控的重要途径和调控网络，揭示代谢调控相关蛋白与重要生物信号通路的相互作用，寻找代谢相关疾病的分子靶标。
6.蛋白质研究的新技术和新方法
发展蛋白质结构测定、功能分析、组学研究的新技术和新方法，包括蛋白质特异标记和高时空分辨的在体动态研究、蛋白质定量检测、核酸适配体识别等新技术新方法，特别关注合成生物学的新技术新方法。
7.蛋白质及配体分子大规模制备和高容量公共资源库的建设
大规模、系统性地收集、制备和建立若干重要物种(含人类)的全长cDNA库、蛋白质库、抗体库，建立与之相关的多糖、多肽、核酸、天然及合成小分子化合物等蛋白质配体分子公共资源库。
8.依托国家重大科学设施的蛋白质研究
依托国家重大科学设施，发展：高通量和高精度的同步辐射数据收集、处理和结构解析系统;基于高亮度光源的微小晶体的结构测定技术;探索高效的蛋白质结晶和晶体衍射质量改善的新技术方法;核磁共振、顺磁共振、小角散射和计算生物学相结合的结构解析和动力学研究技术等，完成一批蛋白质、蛋白质复合物及蛋白质-核酸复合物的结构与功能研究。
