聚合酶链式反应体外扩增DNA：PCR
聚合酶链式反应体外扩增DNA
1. 按以下次序，将各成分加在0.5 ml灭菌离心管、扩增管或灭菌滴定板的孔内混合：
10×扩增缓冲液 5μl
20 mmol/L 4种dNTP混合液（pH 8.0） 1μl
20 μmol/L正向引物 2.5μl
20 μmol/L反向引物 2.5μl
1～5 U/μl热稳定DNA聚合酶 1～2 单位
H2O 28～33μl
模板DNA 5～10μl
总体积 50μl
下表提供标准PCR反应条件
Mg2+ | KCL | dNTPs | 引物 | DNA聚合酶 | 模板DNA |
1.5mmol/L | 50mmol/L | 200μmol/L | 1μmol/L | 1～5单位 | 1pg~1μg |
2. 如果PCR仪没有配置加热盖，在反应混合液的上层应加一滴轻矿物油（约50μl），防止样品在PCR反应多个循环过程中蒸发。如果应用热启动方案程序，在反应混合液的上层可加一层石蜡油。放置微量离心管或微量滴定板在PCR仪上。
3. 按以下方法进行PCR扩增。典型的程序有变性、复性和聚合（延伸反应）；相应的循环条件与温度列表如下：
循环数 | 变性 | 复性 | 聚合 |
30个循环 | 94℃ 30s | 55℃ 30s | 72℃ 1 min |
末轮循环 | 94℃ 1 min | 55℃ 30s | 72℃ 1 min |
这些循环数设置合适50μl反应体系在0.5 ml薄壁离心管内进行，反应管温育在PCR仪上进行靶基因扩增，所用PCR仪可以是Perkin-Elmer9600或9700；也可以是Eppendorf公司的Master cycler PCR仪；也可以是MJ Research公司的PTC100。这里的循环数与温度设置条件也可能适合在其他类型的设备及不同的反应体积。
聚合反应应该根据靶基因的长度按每分钟聚合1000 bp的速率来计算所要设置进行聚合反应的时间。大多数PCR仪设置的最后一个程序是扩增样品温育在4℃上，直到扩增样品从PCR仪上取走。有些扩增样品可以在PCR仪上过夜，以后贮存在-20℃中。
4. 抽取每种扩增样品5～10μl，用琼脂凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳来分析扩增结果，用DNA marker来判断多增片段的大小。凝胶一般用EB（溴化乙锭）或SYBR金颗粒染色后来观察扩增的量与片段大小。
一次成功的扩增反应应该产生与我们预期大小一致的DNA片段。扩增条带可用DNA序列分析，Southern杂交和限制性内切核酸酶酶切图谱予以鉴定。
如果以上这些鉴定都表明扩增产物是正确的，则从凝胶电泳的不同泳道可做进一步分析；从两管阳性对照样品的相应分子量的目的条带的亮度与粗细可判断PCR扩增的效率；阴性对照样品在目的条带附近应该没有相应条带的。从另一方面说，若以上这些鉴定都表明扩增产物不正确，分析结果参见表1与表2。
5. 若用矿物油覆在微量离心管内样品液体的上层（步骤2），反应结束后可用150μl氯仿抽提去除。
在PCR反应管内，包含扩增DNA片段的水相与上层矿物油的界面形成弯月面，在弯月面下面的水相还有微胶粒。可用自动移液器小心吸取水相液体转移到一个新的离心管内。为了许多目的（如用Centricon微量浓缩器纯化扩增DNA样品或者进一步克隆这种扩增产物）都必须把这种矿物油从样品中去除。
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