StrataQuest定量分析方法：探索胞内原生生物与宿主细胞...2
根据活性病原体的微弱DAPI信号和复杂的背景信息，新型的运算法需要从中识别病原体。每种独立的运算法不可能同时满足所有的实验需要。Parasite finder预设程序可根据用户需要选择方法最高程度的区别背景与待分析部分。（A）ring mask圈出胞质部分，代表缺少病原体培养的条件下的巨噬细胞。（B）蓝色部分为感染的巨噬细胞的ring mask,黄色箭头标出DAPI的阳性信号。（C）举例说明的运算法用来检测微弱信号区别没有被感染的巨噬细胞的ring mask中的伪信号。（黄色部分）（D）创建伪阳性信号。多于30个病原体的巨噬细胞被蓝色标出。（E）检测微弱信号区分没有被感染的巨噬细胞的ring mask中的非伪信号。（F）所有被感染的巨噬细胞（黄色部分和黄色箭头）均被识别出。
TissueQuest定量分析感染的巨噬细胞病原体密度和感染比例
（A）软件自动计算感染与未感染的巨噬细胞。（B）每个巨噬细胞胞内寄生虫的平均数量的定量分析。在分析了237个与8639个细胞后，得出随即选择的样本足以证明总感染比例的正确性。（C）胞内寄生虫与巨噬细胞的关系。胞内病原体的数量和Y轴相应的病原体对应的巨噬细胞拥有病原体的数量区间。
此图阐明巨噬细胞中的活病原体的高度混杂性。推测原因为多样化的吞噬作用和病原体繁殖的加强。巨噬细胞的表型决定胞内病原体扩张存在可能性。
利用感染与未感染的原位巨噬细胞定量分析骨髓细胞marker的表达
TissueQuest软件根据胞内病原体，估算每个成核原位宿主细胞。通过拥有不同数量病原体的巨噬细胞，比较不同marker的表达。
拥有不同寄生虫数量的巨噬细胞的表型分析。
(A)直方图表示X轴巨噬细胞拥有病原体与Y轴病原体的数量。TissueQuest软件得到细胞核，ring mask，ring mask中的病原体，ring mask中的CD11b或者F4/80的强度表达（B）拥有不同数量病原体的巨噬细胞的平均强度分析。
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