StrataQuest定量分析方法：探索胞内原生生物与宿主细胞...3
体外原位成活与失活胞内病原体的诊断
此图为体外活细胞和死细胞的定量分析。因为失活病原体不能够吸收DAPI，所以软件能够做出宿主细胞中病原体的区别。对样本进行EB-AO平行染色。StrataQuest识别细胞的胞质（绿色部分），细胞与细胞接触部分（橘色）。
（A）AO灰阶图用于薄膜的检测（绿色部分），细胞边缘的确定（橘色部分）。（B）对粘连细胞进行详细分析。（C）反向回溯确定巨噬细胞拥有多于2个失活寄生虫。（E）拥有失活寄生虫的巨噬细胞的频率分析。（F）拥有不同数量失活寄生虫的吞噬细胞的频率分析。
冰冻切片利用DAPI染色然后TissueQuest进行分析。DAPI的信号指出病原体的DNA并未退化。活检，活检，干燥前的病原体仍然具有活性。StrataQuest软件创建胞核（橘色）和核膜（绿色）。因此，DAPI阳性病原能够在宿主细胞的胞浆部分进行识别。
此图为寄生负载的评估。（A）被感染的淋巴腺。灰阶图为DAPI+宿主细胞核和寄生虫DNA。（B）胞核，胞浆和寄生虫的重叠影像（C）（D）反向回溯拥有3和5-10寄生虫的细胞（E）感染细胞的寄生负载。
此实验中，TissueQuest和StrataQuest软件能够检测如下特点：
1) 寄生负担
2) 感染细胞的表型
3) 定位
4) 细胞-细胞联系
后续研究中会着重在宿主-寄生虫的联系的分子反应机理，在微生物方向疾病治愈做出提高。
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