NanoString、10x Genomics构建高分辨率空间分析仪,检测数千个RNA
NanoString Technologies 和 10x Genomics 近日各自宣布了发布单细胞分辨率空间基因组学分析的计划，该分析可以一次检测数千个转录本。
这些公司在上周的基因组生物学和技术进展年会上分享了他们的计划。
在一次会议演讲中，NanoString 首席技术官 Joe Beechem 描述了公司计划推出用于 CosMx 仪器平台，以检测 6000 个 RNA，高于 1000 个左右。该平台定于 2024 年上半年推出，还将能够在同一张载玻片上分析多达八种蛋白质。 单独的仅蛋白质检测将使检测到的蛋白质数量从 64 种增加到 119 种，几乎翻了一番。
“你不会错过组织中发生的任何主要生物活动，”Beechem 说。“我们并不是要对标细胞分型仪，而是想建立一个了解所有生物学的成像仪。”
他说，6000-RNA panel 还解锁了从全转录组技术（例如低分辨率空间方法或单细胞 RNA 测序）中估算数据的能力。
在公司赞助的研讨会上，10x Genomics 的原位技术研发总监 Malte Kühnemund 分享了来自面板的概念验证数据，该面板与可检测 5000 种 RNA 的 Xenium 平台一起使用。 目前，Xenium panel 可以分析数百种 RNA。 该公司已在七种不同人体组织类型（大脑、肺、皮肤、结肠、胰腺、肝脏和肾脏）的 700,000 个细胞中展示了新的 panel，包括福尔马林固定、石蜡包埋的样本。
10x 没有提供有关高度多重分析将如何集成到未来产品中或何时可用的信息。
在给投资者的一份报告中，Cowen 分析师 Dan Brennan 称扩展的空间基因表达分析“值得注意”。 NanoString 的声明“可以说是……会议中最引人注目的消息，”他写道。
NanoString 和 10x 的平台拥有高分辨率 RNA 分析能力，可为包括靶向分析在内的研究发现提供更多用途。 此外，公司表示还可使用全转录组方法来发现基因表达模式。
本周早些时候，威尔康奈尔医学院的克里斯梅森描述了他的实验室使用 NanoString 的 CosMx 和 GeoMx 平台创建人体组织空间图谱的努力，他建议这可以实现配体-受体分析，以及核糖体和其他细胞器生物学的研究 和细胞骨架的转变。
事实上，Beechem 展示的数据证明了使用 6000 重测定法在不同细胞类型中找到共表达配体的“热点”的能力。
“为了用空间技术完全映射亚细胞功能和细胞相互作用，需要更大的吞吐量，特别是当我们发现和注释稀有和动态细胞状态时，”梅森告诉 GenomeWeb。 “GENCODE 注释了超过 62,000 个基因，因此我们在 RNA 功能的完整细胞图谱上才刚刚起步——达到 6,000[-plex] 让我们前进了 600%。”
来自 10x 和 NanoString 的这些高复杂性分析甚至可能达不到高分辨率空间分析的上限。 例如，Beechem 的介绍暗示 NanoString 正在研究全转录组 CosMx 分析。
