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冠状病毒的几个离心分离方案

2020.7.14

方案一  连续蔗糖梯度:日立CPMX或WX系列离心机,P40ST转头13PET管或13PA管。
单管配置:
1)13PET管:20%-50%(W/W)连续蔗糖梯度。
用0.01M Tris-Hcl配置蔗糖梯度:用20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%(W/W)蔗糖液各1.5ml,从离心管低部逐层向上铺设(底部高密度),铺二管,直立在试管架上室温过夜,第二天早晨放入冰箱仅5℃预冷2小时。在蔗糖液上部加样品(约2ml)至距管口3mm。对称放入P40ST转头吊桶(转头及吊桶在冰柜中预冷过夜)对称双管,38,000rpm(256,000Xg)X 1小时,5℃ 加速8,减速7。
2)13PA管:20%-50%(W/W)连续蔗糖梯度
用0.01M Tris-Hcl配置蔗糖梯度:用20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%(W/W)蔗糖液各1.2ml,从离心管低部逐层向上铺设(低部高密度),铺二管,直立在试管架上室温过夜,第二天早晨放入冰箱5℃预冷2小时。在蔗糖液上部加样品(约2ml)至距管口3mm。对称放入P40ST转头吊桶(转头及吊桶在冰柜中预冷过夜)对称双管,38,000rpm(256,000Xg)X 1小时,5℃ 加速8,减速7。
结果:冠状病毒应沉降在蔗糖36%-40%之间(注意:空吊桶必须都按编号挂在转头上)

方案二 蔗糖阶梯梯度
单管配置:用0.01M Tris-Hcl配置蔗糖梯度,离心管下部为45%(W/W)(PET管为4ml,PA管为3ml),上部为32%(W/W)(PET管为4ml,PA管为3ml),表面加样品至距管口3mm(约为4.5ml)。对称双管,38,000rpm(256,000Xg)X 1小时,5℃ 加速8,减速7。
结果:病毒沉降在二个蔗糖梯度之间。

方案三  Percoll自形成梯度:日立P28ST转头(6X40ml)
单管配置:Percoll原液6.5ml,0.25M蔗糖23ml加样品6ml,充分混合后注入40PA离心管至距管口3mm冰箱中预冷2小时后制备二管放入吊桶挂在P28ST转头上(其余4个空吊桶也要挂上),20,000rpm,1小时,5℃ 加速8,减速8。
结果:病毒沉降在Percoll 1.06密度处。
梯度取出:1)手工取出:离心管倾斜小角度后用定量吸管吸出,13ml PET离心管分别收集26管(每管0.5ml),PA管分别收集21管(每管0.5ml),各管分别测OD给出OD→离心管管容量曲线,可以看到病毒峰,确定离心管编号后即可移出,蔗糖可通过透析除去.2)仪器收集:用日立 DGF-U梯度形成一收集仪,每次做一个管子,DGF-U后出口接流动池的分光光度计,连续测OD并绘出曲线后分部收集,根据病毒峰的位置,可以确定病毒集中在哪些离心管中,透析后得到较纯病毒液.

方案四 用冻融法制备的Nycodenz分离冠状病毒
单管配置 25% Nycondenz(密度1.127g/ml)8ml注入日立13PA离心管,在-20℃冰箱中冻结,全部冻结后室温中溶化即成为(从液面到管底)密度从1.08g/ml到1.30g/ml的连续梯度,从1.08-1.16g/ml为凸指数曲线,从1.16-1.30g/ml为凹指数曲线。
在已溶化的连续梯度上加入样品至距管口3mm(PA管约为2.5ml,PET管约为4ml)
日立P40ST转头,6x13mlTi吊桶,40,000rpm(284,000xg)12小时,加速8,减速7,20℃
离心后用DGF-U自动收集或人工收集成30管(每管0.3ml左右)在Nycodenz密度1.18g/ml处有病毒峰(离心管中段)。将30管分别测OD并绘制OD→管数曲线可找到病毒所在管。
对称管可用30%(W/W)蔗糖配置(密度在20℃时,1.127g/ml)


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