Sage Science核酸片段回收系统在RADseq中的应用（二）
4.RAD-seq 文库构建过程中，DNA片段大小筛选的重要意义?
酶切可以将基因组简化为很多DNA片段。而片段大小筛选步骤可以进一步减少需要进行基因分型的基因位点。筛选潜在的特征性基因座位，主要依赖于两酶切位点距离。不同测序文库间片段筛选的一致性，对产生不同样本间可对比的基因座位至关重要，进而直接影响后续的生物信息分析和应用。片段筛选的方式有直接筛选和间接筛选。直接筛选包括手工切胶，磁珠筛选和pippin，但不同的技术手段，其精确性不同。下图为不同技术手段的简单比较。
手工切胶是根据最左边的marker对照切割，即使是同一个人操作，也很难保证每个泳道，每个样品目的范围的一致性。
磁珠纯化的片段范围过于宽泛，无法进行聚焦。
相比于手工切胶和磁珠纯化，pippin自动化片段回收的一致性和准确性更高，重复性和精确度均达到95%以上。在ezRAD，ddRAD文库构建过程中，pippin片段回收的一致性，是实验成功的关键因素，ddRAD的创始人Brant Peterson博士认为“即使在手工切胶最佳的实验案例里，生信分析后发现，手工切胶的效果也仅为pippin仪器的一半”。自2011年第一代产品Pippin Prep发布以来，已陆续推出Blue Pippin、SageELF、PippinHT、SageHLS等多个型号，sage science在核酸片段回收领域已成为领导性品牌。
参考文献：
Andrews K R, Good J M, Miller M R, et al. Harnessing thepower of RADseq for ecological and evolutionary genomics.[J]. Nature ReviewsGenetics, 2016
Peterson, B. K., Weber, J. N., Kay, E. H., Fisher, et al. Double digest RADseq: an inexpensive method for de novo SNP discovery and genotyping in model and non-model species.[J]. PLOS ONE , 2012
