决定DNA在琼脂糖凝胶电泳色谱仪中迁移速率的因素
决定DNA在琼脂糖凝胶电泳色谱仪中迁移速率的因素有DNA分子大小、琼脂糖凝胶浓度、DNA构象、琼脂糖凝胶和电泳缓冲液中的溴化乙锭、所用电压、电泳缓冲液等。
一、DNA分子大小：
双链DNA分子在琼脂糖凝胶中的迁移速率与其碱基对数的常用对数成反比。分子越大，迁移越慢，因为摩擦力越大，也因为大分子通过凝胶孔的效率低于较小的分子。
二、琼脂糖凝胶浓度：
给定大小的线状DNA段在不同浓度的琼脂糖凝胶中的迁移速率不同。
三、DNA构象：
超螺旋环状（Ⅰ型）、切口环状（Ⅱ型）和线状（Ⅲ型）DNA在琼脂糖凝胶中的迁移速率不同，三种类型的移速速率主要取决于琼脂糖凝胶的浓度和类型，电流强度、缓冲液离子强度和Ⅰ型超螺旋绞紧的程度也影响迁移速率。在一些条件下，Ⅰ型DNA比Ⅲ型迁移得快，但在另一些条件下，顺序可能会颠倒。绝大多数情况下，区分不同构象DNA的需求很简单，主要是区分未处理的环状DNA样品和单一位点经限制酶作用线状化的同一DNA样品。
四、琼脂糖凝胶和电泳缓冲液中的溴化乙锭：
溴化乙锭插入双链DNA会造成其负电荷减少，刚性和长度增加，线状DNA－染料复合物在琼脂糖凝胶中的迁移速率会降低约15%。
五、所用电压：
低电压下DNA段的迁移速率与所用电压成正比。电压升高时，高分子质量片段的迁移速率为不成比例的增加。所以，当电压升高时，琼脂糖凝胶分离的有效范围反而减小。要获得大于2kbDNA段的良好分辨率，所用电压不应高于5～8V/cm。
六、电泳缓冲液：
DNA的泳动受电泳缓冲液的组成和离子强度的影响。缺乏离子（如用水替代电泳槽和琼脂糖凝胶中的缓冲液），电导率会降至很低，DNA不是不动，就是迁移极慢。离子强度高时，电导率高，即使应用适中的电压也会产生大量热能，严重时凝胶会熔化，DNA会变性。
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