云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰...-2
2. m6A甲基转移酶METTL3的泛素化调节其功能
发表期刊：Nucleic Acids Research
影响因子：11.147
发表日期：2018.06.01
实验方法： m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供）
上海交通大学医学院余健秀组在著名期刊《核酸研究》发表了m6A修饰酶蛋白催化修饰相关研究，首次揭示SUMO（泛素化）化修饰调控m6A
RNA甲基化酶METTL3
及其催化功能的一种全新分子机制。此次余健秀课题组鉴定了METTL3的SUMO化修饰及其调控功能。他们发现，在细胞中敲低SUMO特异性蛋白酶SENP1可明显降低细胞内RNA的m6A修饰水平。这一修饰并未影响该蛋白的稳定性及其在细胞中的定位，也未改变该蛋白和METTL14及WTAP之间的相互作用。通过体内及体外实验，他们发现METTL3的SUMO化修饰可显著抑制其m6A甲基化转移酶的活性、促进特异癌细胞的克隆形成及肿瘤生成。稳定敲除METTL3后，结合m6A-seq和RNA-seq（本实验云序提供），m6A RNA甲基化修饰图谱及下游mRNA表达图谱均发生显著改变。这项研究表明m6A RNA甲基化修饰催化酶存在蛋白质修饰，这也为RNA修饰调控机制探讨提供更多的方向。
METTL3 SUMO化对mRNA m6A修饰水平和表达水平的影响
3. m6A调控胃癌细胞EMT过程
发表期刊：Molecular Cancer
影响因子：10.679
发表日期: 2019.10.13
实验方法：m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-qPCR，Co-IP（云序提供）
上海交大附属仁济医院胃肠外科赵刚课题组在Molecular Cancer杂志（影响因子=10.679）发表胃癌细胞的上皮细胞间充质转化（EMT）过程揭示RNA m6A修饰的调控意义。同样本文利用m6A-seq和RNA-seq（本实验云序提供）技术检测到METTL3敲低后发生差异甲基化和差异表达的基因，并通过联合分析850个甲基化水平下调的甲基化基因和798个下调的靶基因确定ZMYM1作为下游靶标，靶分子上两个甲基化修饰位点都存在于终止密码子附近，并通过MeRIP-qPCR（云序可提供此服务）证实了靶分子ZMYM1存在m6A甲基化位点。研究还发现METTL3对ZMYM1的影响是通过m6A修饰从而结合HuR蛋白来进行的，而且免疫共沉淀Co-IP实验（云序可提供此服务）证实了ZYMY1与CtBP/LSD1/CoREST复合物结合的存在形式，而这种复合物的存在可以有效的靶向抑制E-cadherin的转录。直接对ZMYM1的过表达或者敲除实验也证明ZMYM1能够改变胃癌细胞的迁移与侵袭行为，这些结果显示METTL3正是通过调控m6A影响HuR蛋白结合的方式来改变METTL3的表达量，进而促进胃癌细胞的EMT过程。
差异甲基化和差异表达RNA的联合分析
4. m6A修饰促进肝母细胞癌的发生发展
发表期刊：Molecular Cancer
影响因子：10.679
发表日期：2019.12.23
实验方法：m6A-seq、mRNA-seq、MeRIP-PCR、整体m6A修饰水平等（云序提供）
云序客户上海市第十人民医院&上海儿童医学中心关于m6A在肝母细胞癌中的分子机制研究发表在Molecular Cancer杂志（影响因子=10.679）上，在本研究中作者通过对肝母细胞癌（HB）组织和癌旁组织进行m6A-seq和RNA-seq（本实验云序提供），发现m6A主要富集在终止密码子和CDS区，且锁定发生m6A修饰的靶分子mRNA主要富集在Wnt /β-catenin通路，该信号通路中CTNNB1的m6A丰度是最显著的，而且MeRIP-PCR（云序可提供此项服务）结果显示，下调METTL3后m6A修饰水平降低会导致CTNNB1表达和稳定性下降。本篇文章表明 mRNA发生m6A修饰是HB的一种致癌机制，并鉴定CTNNB1是HB中METTL3介导的m6A修饰的靶点基因，为HB的诊断治疗提供了新的方法。
m6A调控CTNNB1的活化
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科技前沿
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项目成果
