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云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰...-1

2021.3.02

云序RNA修饰技术在华南农大余义勋课题组植物m1A修饰调控机制的运用

导读
RNA甲基化修饰在调控生物生长发育的过程中起重要作用，m6A和m5C在植物体内的产生机制和生物学功能已有较多研究论文发表，然而RNA m1A（N1-甲基腺嘌呤）修饰在植物中的研究还非常少。
近日，Plant Physiology 在线发表了华南农业大学余义勋课题组题为“The N1-methyladenosine methylome of petunia messenger RNA” 的研究论文。研究结果显示RNA m1A修饰在植物生长发育中起着重要作用。

矮牵牛RNA m1A修饰促进生长发育

发表期刊：Plant Physiology
影响因子：6.305
发表时间：2020.05.27
实验方法: m1A-seq, RNA-seq（云序提供）
此研究由云序生物合作客户华南农业大学余义勋课题组完成的，该课题组利用m1A-seq & RNA-seq（本实验云序提供）技术对矮牵牛花瓣中含m1A修饰的RNA进行全转录组分析，发现乙烯处理降低了花瓣mRNA m1A峰的水平。另外还发现矮牵牛tRNA特异性甲基转移酶61A (PhTRMT61A)的沉默降低了体内和体外mRNA的m1A水平，定位于细胞核内的PhTRMT61A被抑制会导致叶片发育异常。这些研究结果显示RNA m1A修饰可以作为表观转录组调控机制并在植物生长发育中起着重要作用。

矮牵牛m1A峰的motif序列和结构特征

云序生物热门RNA修饰—m5C甲基化

1、NSUN2转移酶调控HEK293细胞mRNA m5C修饰

发表期刊：Epigenomics
影响因子：4.404
发表日期：2019.02.01
实验方法：m5C-Seq，RNA-seq（云序提供）
云序客户扬州大学单位在Epigenomics 杂志利用CRISP/Cas9技术构建NSUN2-/-HEK293细胞系，并利用m5C-Seq和RNA-seq（本实验云序提供）检测mRNA中m5C的修饰水平和基因表达水平。该研究一共检测到1185个修饰和790个表达发生改变的基因。进一步生信分析揭示：发生m5C甲基化修饰能够调节基因表达，并且这些差异表达基因能够显著富集到与细胞增殖相关的信号通路上。同时作者还发现，下调NSUN2能够显著抑制HEK293细胞的增殖和迁移，其中GRB2和CD44可能是NSUN2调节细胞增殖的关键调节因子。该研究阐述了NSUN2调控HEK293细胞增殖和迁移等生物学功能的分子机制，并揭示了m5C甲基化转移酶NSUN2对RNA修饰和表达的调控机理。

NSUN2对mRNA的表达水平的影响

云序生物热门RNA修饰—m6A甲基化

1. m6A 甲基化参与非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的发生发展

发表期刊：Hepatology
影响因子：14.971
发表日期：2020.03.09
实验方法：m6A-seq，RNA-seq，MeRIP-PCR，RIP等（云序提供）
Hepatology杂志(IF=14.971)于2020年3月9日在线发表一重要发现：RNA甲基化参与非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的发生发展。该论文的第一作者为复旦大学附属中山医院内分泌科周冰博士，主要研究内容由周冰博士在中山医院内分泌团队及华东师范大学马欣然组的共同指导下完成。在本研究中，作者发现m6A RNA修饰在肥胖相关NAFLD进展中的作用，通过m6A-seq和RNA-seq（本实验云序提供），发现在瘦素受体缺陷型小鼠的肝脏组织中，甘油三酯合成相关基因的m6A修饰和mRNA表达均明显增加, 而m6A阅读器蛋白YTHDC2的表达明显下调。抑制正常小鼠肝脏中YTHDC2表达后，导致甘油三酯（TG）的沉积；而在肥胖小鼠肝脏中过表达YTHDC2基因后，则改善了肝脏甘油三酯沉积和胰岛素抵抗。因此，本研究表明以m6A为代表的RNA新型修饰，在NAFLD相关肝脏疾病中发挥重要作用，从而为这类疾病的研究提供了新的方向。

m6A - seq和RNA- seq联合分析锁定靶分子

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周锦帆