基于质谱成像的微区域蛋白组学
质谱成像技术(MSI)可以直接研究化合物分子在生物组织的空间分布。由于质谱成像对分子鉴定的分析深度有限,因此需要将质谱成像与更灵敏的基于局部萃取的多组学方法相结合,以得到分子的全面表征。根据质谱成像提供的分子空间信息对于后续的组学研究非常重要,它可用于辅助组织样本特征区域的激光显微切割,以及随后进行的高灵敏LC-MS/MS分析。包含基质辅助激光解吸电离源(MALDI)和电喷雾电离源(ESI)双离子源质谱仪的最新发展,可以在同一台质谱仪器上实现最先进的质谱成像和LC-MS/MS蛋白质组学功能。
研究分享 本研究使用了布鲁克timsTOF
fleX双离子源成像组学质谱系统,该系统配备了快速质谱成像的10kHz
MALDI激光器和一个正交电喷雾源,并结合了捕集型离子淌度分离(TIMS)和平行累加序列碎裂(PASEF)技术获得100Hz
MS/MS高速度和高灵敏度。本研究的目的是将MALDI成像提供的空间分子信息与特征区域LC-MS/MS分子表征相结合,在单一仪器上完成空间多组学实验。工作流程如图1所示。 本研究的样本是Liege大学组织生物库的乳腺癌组织,样本冷冻切片后安装于聚乙烯萘甲酸酯(PEN)玻片上,干燥后施加去甲哈尔满基质进行质谱成像。质谱条件:正模式,空间分辨率50µm,质量范围m/z300–1600,采样速度25像素/s。在质谱成像实验后,用70%乙醇洗去基质并用苏木精染色,用高分辨率扫描仪扫描组织切片,由病理学家划定肿瘤区域。质谱成像数据通过布鲁克SCiLS
Lab 2020a软件处理产生组织学分区并得到三个亚群,它们在组织学检验上不能被区别。
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