《Nature》子刊:蛋白质组学大牛Ruedi 再出佳作!利用多层蛋白质组描绘肿瘤突变基因的深层分子机制全景图
点击蓝字关注我们
肿瘤的发生往往伴随着基因突变。然而,基因突变如何改变下游生理过程,从而导致肿瘤的产生,这其中的深层分子机制却知之甚少。7月16日,蛋白质组技术和应用领域最具代表性的引领者之一:苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold教授及其团队,在《Nature Communications》上发表了一篇堪称教科书典范的研究论文:Multi-layered proteomic analyses decode compositional and functional effects of cancer mutations on kinase complexes。作者以一个肿瘤驱动基因Dyrk2 (dual-specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 2) 为例,利用了DIA/SWATH蛋白质组学、DIA/SWATH磷酸化蛋白质组学、互作蛋白质组、交联蛋白质组的多层蛋白质组学技术,系统揭示了Dyrk2基因突变是如何影响下游蛋白质表达及磷酸化修饰的分子机制。
实验设计
研究材料:
表达野生型Dyrk2及多种Dyrk2突变体的SF9/HEK293/HeLa细胞
技术方法:
DIA/SWATH蛋白质组学,DIA/SWATH磷酸化蛋白质组学,互作蛋白质组学(AP-MS,BioID-MS),交联蛋白质组学
研究路线:
研究结果
1.挑选关键Dyrk2突变体
在COSMIC数据库中收录了100多种与肿瘤相关的Dyrk2突变信息。为进一步收敛研究范围,作者利用structure-ppi algorithm对这100多种突变产生的蛋白结构变异程度进行预测,从而选定6种可能造成最大蛋白结构或活性变异的突变体进行后续研究,分别是【P198L (PL), R378L (RL), S471L (SL), S471P (SP), S471X(SX)和K251R(KR)】。
2.Dyrk2复合体及Dyrk2突变体蛋白质互作研究
图2. Dyrk2突变体蛋白互作网络差异比较
3. 利用交联蛋白比较Dyrk2及其突变体的空间拓扑结构差异
图3. Dyrk2野生型、KR突变体及RL突变体的蛋白拓扑结构差异比较
4. 利用蛋白质组学及磷酸化蛋白质组学揭示Dyrk2突变后对细胞蛋白质组的全局扰动
图4. 不同突变体表达后细胞的蛋白质表达差异(左)及磷酸化修饰差异(右)
图5. 磷酸化差异GO功能注释
5. 多组学数据整合讨论
最后,作者结合定量蛋白质组、磷酸化蛋白质组、作蛋白质组、交联蛋白质组等多个组学数据,汇总描述了一幅肿瘤驱动基因Dyrk2突变的深层分子机制全景图(图6)。Dyrk2突变除了会对DNA损伤修复,细胞增殖凋亡,核转运等多类蛋白产生影响外,也会对许多已知的癌症驱动基因起到调控作用。
图6. 多组学信息整合互作网络图
小编总结
(1) 本研究利用多种蛋白质组学技术,包括定量蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、互作蛋白质组学(AP-MS,BioID-MS)、交联蛋白质组学,系统阐述了肿瘤驱动基因突变造成的下游分子机制响应。该研究策略堪称基因突变在蛋白质组水平教科书式的研究模式。
(2)近期Ruedi Aebersold及Matthias Mann(新冠最新研究进展-Matthias Mann团队利用多组学揭示冠状病毒对宿主的扰动机制)两位蛋白质组学领域大神,接连利用蛋白质组+磷酸化蛋白质组的策略发表了高水平的研究论文,蛋白质组+磷酸化蛋白质组可谓是蛋白质水平上进行机理研究的黄金搭档。更加值得注意的是,从技术维度来看,两位技术引领者也不约而同的选择了DIA蛋白质组及DIA磷酸化蛋白质组的技术,预示着DIA相关技术的巨大应用前景和趋势。
中科新生命拥有超过16年的蛋白质组分析与服务经验,提供前沿的蛋白质组+磷酸化蛋白质组多组学联合分析服务,相关项目成果已发表《Cell Metabolism》等顶尖期刊。近期,平台再度升级,推出DIA蛋白质组+DIA磷酸化蛋白质组联合分析。对DIA磷酸化蛋白质组感兴趣的老师可点击近期讲座相关内容(APT-Omics云课堂-DIA磷酸化讲座精彩回放)。
我知道你
在看
哦
获取文献原文↓↓↓