布鲁克timsTOF新品助力单细胞蛋白组学
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timsTOF SCP 发布
定量生物学现在也可以使用无偏单细胞蛋白质组学来完成。相较于mRNA仅具有较少的拷贝数,处于生长周期不同阶段的细胞具有足够拷贝数的蛋白质,可以观察并统计相关的丰度变化。
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新一代 timsTOF Pro 2 发布
timsTOF Pro 2 的性能改进对于4D-表观蛋白质组学,尤其是磷酸蛋白质组学至关重要。磷酸化是信号传导的关键,且在癌症和其他疾病中经常被错误调节。在分析前,磷酸化肽段必须进行富集,研究人员通常从几毫克的生物材料开始进行前处理,以确保能分离出足够数量的磷酸化肽段进行分析。正如德国美因茨大学医学中心免疫学研究所Stefan Tenzer教授所展示的,timsTOF Pro 2 可以从起始材料仅有150ug的蛋白质中鉴定27,768条特异性磷酸化肽段。另外一特别亮点在于,通过TIMS和PASEF组合,该研究成功分离了457种共洗脱的磷酸化异构体。即便只有25ug蛋白质,也可以鉴定不少于4,400种磷酸肽,为后续穿刺活检磷酸化蛋白质组学铺平了道路。
Tenzer教授表示:“除了高灵敏度之外,TIMS技术的一个独特方面是它能够通过离子淌度来解析气相中的位置磷酸化异构体,对信号通路提供更详细的信息。”
灵敏度对于免疫肽组学来说至关重要,瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所肿瘤与病理学系生命科学实验室Janne Lehtiö教授表示:“timsTOF Pro的性能给我们留下了深刻的印象。特别是timsTOF Pro的分析速度和灵敏度使我们能够从有限数量的样本中得到更多的免疫肽段,我们期待这些肽段对于新抗原发现和癌症免疫肿瘤治疗个性化疗法的开发提供帮助。”
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PaSER 的新功能
麻省理工学院和哈佛大学卡尔实验室的Sebastian Vaca博士表示:“PaSER流程在timsTOF Pro上的实时检测结果大大节省了搜索时间,使我们能够更快地开发检测方法,了解当下LC及其仪器性能,大大提高了蛋白质组学和 PTM 研究的效率。”
PaSER现在有一个MOMA浏览器,可以通过大规模CCS值来表征co-eluting or isobaric peptides。基于GPU搜索的研究已经扩展到免疫蛋白质组学领域。通过与Tony Purcell教授和Bioinformatics Solutions公司合作,真正实现了实时de novo测序,为新抗原发现提供了新途径。
最后,PaSER 2022 整合了支持CCS值的全新数据库搜索的新算法——TIMScore™,该算法是与John Yates教授共同开发,由机器学习驱动。TIMScore为第一个支持CCS数据库的搜索算法,并增加了蛋白质和肽段的鉴定量,并同时保持了FDR控制和实时搜索速度。
参考资料
2. diaPASEF: parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Meier F, Brunner AD, Frank M, Ha A, Bludau I, Voytik E, Kaspar-Schoenefeld S, Lubeck M, Raether O, Bache N, Aebersold R, Collins BC, Röst HL, Mann M., Nature Methods. 2020 Dec;17(12):1229-1236. doi: 10.1038/s41592-020-00998-0. Epub 2020 Nov 30. PMID: 33257825