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表1 低深度重测序建库和测序总成本二、 低深度重测序可以做哪些类型的分析呢?低深度重测序的主要挑战是不能准确地推断个体基因型。因此,近年来发展了许多相关的分析工具,涵盖了绝大多数常见的群体类型。目前,低深度重测序分析中最广泛使用的软件是ANGSD,这是一个全面的软件包,包含了各种分析选项。当然,对于大多数类型的分析,都可以使用各种各样的替代软件。lcWGS流程图。...
不同技术之间的比较全基因组重测序、SNP芯片、简化基因组测序和低深度重测序技术比较如下:reference pane有同学说,你光说填充多好多好,没有panel怎么办呢?别急,华中农业大学构建了13种动物和12种植物的reference panel,并且数据库公开(感谢大佬),快去看看自己研究的物种在不在里边吧。...
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利用高覆盖率的全基因组测序和改进的分析方法,科学家们对该项目的样本进行了高覆盖度重测序,样本队列现扩展至3202个样本,其中包含602个家系三人组。文章发表在《Cell》上,令这一开放获取资源更加有价值。七年前,千人基因组计划(1kGP)公布了一个开放获取的资源——来自世界五大洲26个种群的2504个个体的低覆盖率全基因组测序(WGS)数据,是首次大规模公开的人类遗传变异目录。...
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