本研究运用通过去除核糖体技术构建的转录组文库的二代测序数据,该项技术理论上可以捕获较全面的RNA分子。通过深入分析,在小鼠的大脑、睾丸和胚胎干细胞中发现了几千个新的转录本(大部分是非编码RNA)。这些新检测到的转录本与转录起始和延伸的信号密切相关,在这些转录本上游,科研人员看到了H3K4me3,RNAPII结合位点和CAGE等标志转录起始的特征。...
而传统方法大多以双链cDNA为初始样本,难以确定测序所得序列来自转录本的正义链还是反义链而干扰后续数据分析。同时,SOLiD强大的测序能力,使得高通量发掘低拷贝转录本成为可能。 3. 基因组所SOLiD测序仪运行情况 目前,ABI公司针对我所SOLiD实验小组的技术培训基本结束。SOLiD实验小组已经具备独立构建基因组片段文库和末端配对文库的能力,所构建文库各项质量指标基本符合要求。...
而传统方法大多以双链cDNA为初始样本,难以确定测序所得序列来自转录本的正义链还是反义链而干扰后续数据分析。同时,SOLiD强大的测序能力,使得高通量发掘低拷贝转录本成为可能。3. 基因组所SOLiD测序仪运行情况目前,ABI公司针对我所SOLiD实验小组的技术培训基本结束。SOLiD实验小组已经具备独立构建基因组片段文库和末端配对文库的能力,所构建文库各项质量指标基本符合要求。...
揭示这些偏差来源的研究,通常使用计算方法对现有的测序数据进行分析,以评估各种测序技术和文库构建的性能。这种方法的一个缺点是,它可能很难知道覆盖中的异常现象是自然存在还是由技术问题引起。例如,几乎所有的 RNA-seq研究有外显子内覆盖的差异,这可能来自于共有外显子部分的自然发生的剪接变体,或者可能是由文库构建或测序过程中的技术误差引起。 ...
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