蛋白质在溶液中构象转换的分子动力学模拟

摘要: 将蛋白质的稳定和失活、折叠和去折叠等现象概括为蛋白质分子在溶液中的构象变化问题。采用非晶格模型和Langevin 分子动力学方法研究了无限稀释溶液及不同尺度和不同表面亲/ 疏水性球形限制性空间内β模型蛋白的构象分布及其转换特性。模拟结果显示:尺寸适度的疏水性空间有利于蛋白质结构发生缩塌,而亲水性空间有利于缩塌态蛋白质结构的稳定,且表面亲/ 疏水性的影响作用随着空间半径的增大而减弱。计算结果与实验报道一致,为研究蛋白质分子在溶液中的折叠和稳定化提供了理论工具。