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16srrna测序流程

2021.6.10

微生物识别和诊断的分子技术

依赖培养的方法太慢,于是可以使用一些分子信号,如核苷酸、蛋白质、代谢化合物。

16s rrna gene pcr在诊断微生物方面广泛使用。pcr-based 方法更为敏感和定量化:

1.qpcr:对扩增进行定量。扩增时在特定的靶向探针上加上荧光染料,裂解后造成荧光信号的逐渐增加,从而定量细菌的载量,可以用于监控细菌感染的过程。

2.droplet digital pcr:模板分子被分为不同的droplets,然后扩增,根据droplets的counts数进行定量。这个可以检测出传统pcr认为的阴性和背景噪音的低丰度target。

dna提取方法和pcr引物的选择:

dna提取时需要考虑到pcr inhibitors,以及部分细菌物种可能导致的偏倚。

pcr引物可以选择double-ended barcoding提高数据质量。

otu与扩增子测序变异(asv......

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