小分子多肽的定义
2020.4.13
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物x-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多x-ray晶体结构、nmr解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸、多肽以及主客体中的主体分子，又该如何定义对接口袋呢？
对接口袋这个概念存在于分子对接计算中，是受体中配体结合的可能区域。通过设定足够大的盒子把口袋囊括起来来告知对接程序它的位置。如果对接口袋被设定在真正的活性结合位点上，则有更大概率找到配体正确的活性构象与结合模式。
对接口袋，顾名思义，通常呈口袋状（开口小、肚子大、能容纳一定体积的分子结构），也有其他形状，比如管道状、凹槽状和浅洼状，而以口袋形状最为典型
。对于蛋白-配体复合物而言，
大且深的疏水性空腔
对于配体结合至关重要。对于蛋白结构，这一特......
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分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的
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