另外,约20%的转录本未能与数据库中的任何蛋白匹配,很可能由于这部分转录本是花生特有的转录本。 对于已通过UniProtKB注释的转录本,利用GO对已注释基因的功能进行分类,共有42,995个转录本可比对至GO数据库,且38,280个转录本与分子功能相关,31,152个转录本与生物过程相关,17,881个转录本与细胞组成相关。...
第1阶段-测序读长的比对(alignment)与组装(assembly)测序完成后,分析的起点就是数据文件,这个数据文件包含了测序计数的碱基,这些数据文件通常是以FASTQ文件的格式存在。处理这些FASTQ文件最常见的第一步操作就是将测序读长回贴到已知的转录组上(或已经注释的基因组上),将每个测序读长转换为一个或多个基因组坐标。...
对于真核基因组中的常规RNA-seq DGE分析来说,一般认为每个样本需要100万-300万条读长(也就是我们常说的10M到30M数量)。但是,在多个物种中的实验结果显示当每个样本的测序读长数量为1M时,那么这个数量级的测序读长提供的转录本丰度信息与转录组中表达最高表达量的一半的转录本30M测序提供的丰度信息类似。...
任何给定生物系统的代谢物、蛋白质、基因(转录水平)、微生物丰度会受到样本采集、储存和处理的时间和方法的影响。因此,在组学研究中有必要考虑分析前样本收集过程要求。糟糕的收集方法可能会造成偏差,并对采集数据的稳定性和再现性产生有害影响。...
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