原位合成寡核苷酸阵列     第一个产生DNA阵列的原位合成探针的方法是由Fodor等(1993)开发的，即照相平版印刷法，并由Affymetrix lnc．  (Santa C1ara，CA)将其商业化。首先，根据靶基因组位点或靶基因的序列按照碱基互补配对原则可以确定阵列上寡DNA探针集(每个长约25个核苷酸)的序列。依据这些信息就可以利用计算机算法设计照相平版印刷掩模(mask)用来产生探针阵列。通过照相平版印刷掩模上的孔洞让胶卷覆盖的玻璃平板表面上选定的位置曝光，然后，用将要在选定的位置上合成的探针的第一个核苷酸液冲洗玻璃表面，光化学偶联的反应就在这些位点上发生了。例如，玻璃表面上所有以鸟苷酸开始的探针的位点被光激活，然后偶联上鸟嘌呤碱基。这一步依次再重复3次，所不同的是，反应发生的位置依次在以腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶开始的探针掩模的位置上。合成每个探针的第2个合适的核苷酸时要重新设计掩模重复上述这一过程。在第2个循环过程中，由第一步固定在玻璃表面的核苷酸上的磷酸基团通过合适的掩模被光激活，这种掩模是专为在生长着的寡核苷酸探针上追加碱基设计的。这一过程连续进行，直到玻璃表面上成百上千个位置上的每一个具有特定长度和序列的寡核苷酸探针都合成为止。     虽然Affymetrix的基因芯片(A“ymetrixGeneChips’”)在原位合成的DNA芯片中使用最为广泛，但是非平版印刷的芯片制造技术包括电子的方法已经开发出来了。 原位合成DNA微阵列的Affymetrix方法①通过一个照相平版印刷掩模有选择性地让照片保护的玻璃底片曝光；②激活去保护的区域；③用核苷酸液冲洗表面，在照片激活的位置发生化学偶联反应；④使用一个新的照相平版印刷掩模．这一掩模和前一掩模的模式有所不同；⑤重复偶联反应的步骤，重复这一过程直到获得想要的那组探针