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Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备的质量控制(一)

2020.4.10

摘要

本应用简报按照 Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备方案,介绍了 Agilent 4200 TapeStation 系统在工作流程中的样品质量控制 (QC) 性能。基因组 DNA ScreenTape 分析法是对基因组 DNA 起始材料进行系列定量分析并提供完整性信息的可靠方法。安捷伦高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析法可在测序前对扩增的标签文库进行分子量测定和定量分析。数据还表明,采用 DNA ScreenTape 分析法所获得的结果与使用 Agilent 2100 生物分析仪系统和 Qubit 荧光计进行分析所得到的信息相一致。

前言

Agilent SureSelectQXT 全基因组文库制备试剂盒可生成用于 Illumina 配对末端多重测序的文库。SureSelectQXT 文库制备对基因组 DNA (gDNA) 的起始量变化非常敏感。本方案建议使用 Qubit 仪器进行两次系列荧光分析来定量。采用基因组 DNA ScreenTape 分析法在 Agilent 4200 TapeStation 系统上运行相同样品,比较这两种方法所获得的结果。gDNA 起始量的偏差会导致所得片段分布不理想,使扩增文库中过大或过小的 DNA 片段所占比例过高。这种效应可以通过由各种 gDNA 起始材料(从低丰度到高丰度)产生的额外文库来说明。

扩增文库使用安捷伦高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析法及 4200 TapeStation 系统进行分析,将其结果与 SureSelectQXT 方案推荐的高灵敏度 DNA 分析法及 Agilent 2100 生物分析仪系统分析所得结果进行比较。

扩增文库的分析结果显示,高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析与 2100 生物分析仪系统获得的分子量和摩尔浓度结果相一致。

材料与方法

4200 TapeStation 系统 (G2991AA)、2100 生物分析仪系统 (G2939AA)、SureCycler 8800 热循环仪 (G8800A)、用于 WGS 的 SureSelectQXT 文库制备试剂盒 (G9682A)、高灵敏度 D5000 ScreenTape (5067-5592) 和试剂 (5067-5593)、基因组 DNA ScreenTape (5067-5365)  和试剂 (5067-5366)、高灵敏度 DNA 试剂盒 (5067-4626),以及 OneSeq 参比 DNA 男性 (5190-8848) 购自安捷伦科技公司。NanoDrop 1000、Qubit 3.0 荧光计 (Q33216) 和Qubit dsDNA BR 分析试剂盒 (Q32850) 购自赛默飞世尔科技公司。使用区域功能来实现 DNA 文库的定量测定。除非另有说明,否则所有分析均按照生产商的方案和指南进行。
 


结果与讨论

图 1 说明了使用 gDNA 作为起始材料生成全基因组测序 (WGS) 文库的 SureSelectQXT 方案。简而言之,样品在一步酶解步骤中进行碎裂和接头标记,然后进行 PCR 扩增,在此期间对接头连接的片段进行扩增和标记。然后使用磁珠清洁扩增的接头连接的文库,并在测序前分析以确定合适的分子量、数量,并进行纯度(不含接头二聚体产物)评估。


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