Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备的质量控制（三）
不同 gDNA 起始量的电泳叠加图显示，使用 2100 生物分析仪 (A) 和 4200 TapeStation (B)
系统，文库片段分子量分布（图 5）呈现出不同的弥散条带曲线。50 ng 的最佳 gDNA 起始量可得到平均分子量在 600–1000 bp
之间的文库曲线。最小的 gDNA 起始量产生的文库通常会导致其分子量范围趋向于更小。相反，gDNA 起始量过大会导致大 DNA
片段比例过高，从而产生的文库的分子量范围趋向于更大。此外，所有电泳图均未显示接头二聚体产物，表明文库纯度很高。
SureSelectQXT 全基因组文库的定量分析
对于多重测序，将 SureSelectQXT 全基因组文库合并，使每个插入标记的样品在库中的摩尔量相同。文库的最佳起始浓度取决于测序平台。它可能还需要根据文库的 DNA 片段分子量范围进行优化，以获得所需的最终量和数据质量。4200 TapeStation 和 2100 生物分析仪系统可在区域表中提供摩尔浓度定量数据和分子量信息（图 6）。
对于每个由不同 gDNA 起始量产生的文库，将其摩尔浓度绘制在两个系统的对比图中（图 7）。
表 1 中的汇总数据表明，使用高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析法得到的扩增文库的分子量和定量分析结果，与 SureSelectQXT WGS 方案推荐的 2100 生物分析仪系统及高灵敏度 DNA 分析法得到的结果相一致。
结论
本应用简报证明了 Agilent 4200 TapeStation 是可用于 Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备过程中进行样品分析的可靠系统。
高质量 DNA 样品和 gDNA 起始材料高重现性的定量结果是成功制备 SureSelectQXT 文库必不可少的条件。安捷伦基因组 DNA ScreenTape 分析法可对基因组 DNA 起始材料实现精确定量分析，并在同一 QC 步骤中对样品完整性进行评估。
安捷伦高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析法是用于 SureSelectQXT WGS 扩增文库的分子量测定和定量分析的理想工具。4200 TapeStation 系统除了具有与 SureSelectQXT 方案推荐的Agilent 2100 生物分析仪系统等效的性能外，还具有高度灵活的样品通量和易用性。
参考文献
1. G9682-90000. SureSelectQXT Whole Genome Library Prep for
Illumina Multiplexed Sequencing（用于 Illumina 多重测序的SureSelectQXT
全基因组文库制备试剂盒）http://www.agilent.com/ cs/library/usermanuals/Public/ G9682-90000.pdf
2. G2991-90150. Agilent High Sensitivity D5000 ScreenTape Assay
Quick Guide for 4200 TapeStation System（用于 4200TapeStation 系统的安捷伦高灵敏度
D5000 ScreenTape 分析快速指南）。http://www.agilent. com/cs/library/usermanuals/ Public/4200-TapeStation_HS- D5000_QG.pdf
3. G2991-90040. Agilent Genomic DNA ScreenTape Assay Quick Guide for
4200 TapeStation System（用于 4200 TapeStation 系统的安捷伦基因组 DNAScreenTape
分析快速指南）。http://www.agilent.com/ cs/library/usermanuals/ Public/4200-TapeStation_gDNA_ QG.pdf
4. O’Neill, M.; et al. Comparison of the TLDA with the Nanodrop and the reference Qubit system. J. Physics: Conference Series 2011, Volume 307, Issue 1. http://www.iopscience.iop. org/1742-6596/307/1/012047
-
企业风采
-
产品技术
