中国科学院团队成功绘制新冠首批死亡患者高分辨率空间蛋白质图谱
不久前，中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队与南方科技大学田瑞军团队以及华中科技大学同济医学院周亦武团队在 BioRxiv 发布创新性研究Deep spatial proteomic exploration of severe COVID-19-related pulmonary injury in post-mortem specimens，通过整合 H&E 组织切片染色、单细胞精度激光显微切割（LMD）和超灵敏空间蛋白质组学技术（SISPROT），对武汉大流行第一批死亡患者留存的 FFPE 样品进行高深度空间蛋白质组学检测，建立了 COVID-19 患者肺部七个主要病理区域的高分辨定量蛋白质组学图谱，在 71 个解剖的 FFPE 死后标本中定量分析了超过 10,000 种蛋白质，比较发现了 COVID-19 诱导的蛋白谱和信号通路失调，为过渡态肺细胞增殖提供了证据。
本研究为了解 COVID-19 引起的肺损伤提供了空间蛋白质组学信息，为重症肺炎的治疗干预提供重要理论依据[1]。
图片来源：文献截图
图1. COVID-19 尸检中肺损伤的空间蛋白质组分析
A. 实验流程：队列设计、尸检标本采集、激光显微切割、蛋白质组学样品制备、基于质谱的深度蛋白质组学分析、生物信息学分析。对 COVID-19 重症患者和非 COVID-19 对照个体的肺组织十个区域进行分析。B. 组织切片 H&E 染色分析。C. 人体肺结构示意图。D. 每个区域已识别蛋白质组的总数（条形图）和平均值 (折线图)。
空间蛋白质组学可以定量表征特定细胞类型的数千种蛋白质，同时保留其空间相对位置信息。对于解析微环境中不同细胞类型的分子特征和相互作用提供重要工具，加深对疾病进程的理解。尤其空间蛋白质组学是对组织检测深度和精度的进一步提升，在基础研究和临床病理分析中应用潜力无穷！
贝普奥生物 H&E 空间蛋白质组学将空间维度的激光显微切割技术和独家专利的 SISPROT 样本前处理技术整合在同一张切片上进行染色分析、自动化切割、精准收集和深度质谱检测。2 小时内即可完成高灵敏度的蛋白质样品前处理，并兼顾了前处理过程中的稳定性、重复性。结合高分辨率高灵敏度的液相质谱平台，为最终获得高质量的深度蛋白质组数据奠定扎实的技术基础。
1.技术流程及优势
完整的空间蛋白质组学技术流程包括：获取组织切片（FF/FFPE）、H&E 染色、自动化激光显微切割、SISPROT 超微量样品前处理、高分辨率高灵敏度的液相质谱平台以及获得最终生信分析结果。
空间蛋白质组学技术特点：
（1）基于 H&E 染色，可在同一张切片上轻松实现组织微环境的高效准确区分、轮廓标注和激光显微切割。
（2）自动化精准切割、精准定位和 100% 目标样本收集，保证了目标样本质谱检测的一致性，提升蛋白定量的准确性和稳定性。
（3）完美实现显微切割样本的高通量、高深度蛋白质组鉴定，纳克级微量样本也可进行高效分析。
2.在疾病研究中应用
空间蛋白质组学因其独特的技术优势，在组织微环境结构功能和异质性研究中具有重要价值。包括组织细微结构功能、细胞组成及类型的异质性和区域独特性、细胞间以及细胞与微环境的相互作用等。此外在肿瘤研究中，可用于生物标志物的鉴定和耐药性分析，开发新型免疫疗法。
年终岁末，为了给大家提供更好的空间蛋白质组学技术支持，贝普奥生物推出 2 周年钜惠活动，H&E 空间蛋白质组限时超值优惠、10 天极速交付结果，做空间蛋白质组学的你千万别错过！
参考文献：
[1]. Yiheng Mao, Ying Chen, Yuan Li, et al. Deep spatial proteomic exploration of severe COVID-19-related pulmonary injury in post-mortem specimens. bioRxiv. 548971, 2023.
