细胞色素氧化酶的催化过程
细胞色素氧化酶催化的整体反应是： 4 Fe-细胞色素c + 8 H进 + O2 → 4 Fe-细胞色素c + 2 H2O + 4 H出
整个催化过程 如下：首先两个电子从两个细胞色素c分子通过CuA和细胞色素a传递到细胞色素a3-CuB双核中心，将中心的金属还原为Fe和Cu。
连接两个金属离子的氢氧根在被质子化后生成水分子而被释放，从而两个金属离子之间产生了一个空腔，这一空腔被一个氧气分子所填充。氧气分子与细胞色素a3中的铁原子结合形成铁氧结合形式（Fe-O2）。结合的氧很快被还原，其中一个氧原子与铁形成Fe=O形式；
而另一个接近CuB的氧原子接受来自Cu的一个电子和来自Tyr244上羟基的一个电子和一个质子，被转化为一个氢氧根，同时Tyr244转变为酪氨酰自由基。
来自另一个细胞色素c分子的第三个电子通过相同的途径被传递到细胞色素a3-CuB双核中心，随后这个电子和两个质子将酪氨酰自由基重新还原为酪氨酸，并将结合在CuB上的氢氧根转化为水分子。
同样来自细胞色素c分子的第四个电子在进入细胞色素a3-CuB双核中心后，将Fe=O还原为Fe，同时氧原子接受一个质子转变为一个氢氧根连接于细胞色素a3-CuB中心，从而整个循环回到起始状态。
整个反应过程净利用了4个还原的细胞色素c分子（提供4个电子）、4个质子（消耗8个，产生4个），将一个氧气分子还原为两个水分子。
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