454测序识别早期HIV耐药性突变
回顾性研究分析表明即使最低水平的耐药性突变也会导致早期治疗失败
2月17日《传染病杂志》（Journal of Infectious Disease）在线公布的一项研究称HIV病毒群体中少至1％的HIV耐药性突变会对临床结果产生显著影响。这篇论文由罗氏旗下454生命科学公司与耶鲁大学医学院研究人员合作完成，文章利用454测序系统对一个早期进行的临床试验FIRST Study（1）中获得研究样品进行分析，以鉴别之前无法检测到的耐药性HIV变异。
这项研究由耶鲁大学医学院以及VA康涅狄格医疗保健体系（VA Connecticut Health Care
System）的Michael
Kozal医学博士领导完成，研究人员在研究目的药物治疗之前，对264个来自HIV感染个体的血液样品进行了盲回溯性（blinded-retrospectives）分析。研究人员利用可灵敏检测低频突变的Genome
Sequencer FLX系统对FIRST
Study样品进行超深度测序分析。令人惊讶的是，结果表明携带耐药性突变的病人是原本预期的两倍。这项研究回答的第二个问题就是现有方法未检测到的低水平突变是否会影响病患治疗结果。显然，研究显示从统计学角度看，耐药病毒株水平低至1％都会造成早期抗逆转录病毒治疗失败。
文章的通讯作者Michael
Koza医学博士表示，“现有临床技术仅能检测到占病人循环体系中病毒水平20%或以上的耐药性突变株。因此，现有临床检测很可能遗漏了许多低水平耐药性HIV株，这些病毒突变株在药物选择性压力下会快速生长，最终导致治疗失败”，“这一回顾性研究表明即使耐药性突变株的水平低至1％都会导致早期治疗失败”，“将来，临床医师有望利用这一研究结果来选择更好的抗逆转录病毒药物组合，从而抑制这些耐药性HIV株，以求在病人体内获得更好的临床效果。”
虽然在过去的十年当中，HIV病人存活率大幅度增加，但也有许多病人在开始治疗之后不久就有了耐药性。这一点在抗逆转录病毒药物被广泛应用多年的发达国家尤其如此。随着更多治疗进入HIV感染高度流行的发展中国家，耐药性也越来越引起关注。已进行了5年的FIRST
Study获得的长期临床数据能建立起序列信息和病患治疗结果之间的关联。文章的共同通讯作者，454生命科学公司技术总监Michael
Egholm博士表示，“我们发展的超深度测序方法正是为解决此类问题而设，对于该技术在这项研究中所展示的实力我们也十分满意”，“HIV耐药性仅仅是我们利用这种有力工具可解决一个现实世界问题的例子。”
作为罗氏应用科学卓越成员的454 Life
Sciences公司，研究发展了用于超高通量DNA测序的创新454测序系统并将其推向市场。其应用领域包括对基因组进行重测序及再测序，宏基因组学、RNA分析以及目标DNA区域测序。454测序系统的特点在于其简便一致的样品制备方法，以及包括paired-end读取在内的高度准确的长测序结果。454测序系统能够满足不同领域的数百种同行评审研究需要，包括癌症及感染疾病研究、药物发现、海洋生物学、人类学、古生物学以及更多领域的研究。
