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SSR(simple sequence repeat)技术

2020.9.14

SSR(simple sequence repeat )技术是另一种非常有用的分子标记技术,在生物体基因组内存在许多重复的简单序列小片断,在不同种内小片断的重复数不同,这种不同的重复数,是由其遗传基因所决定,有种属特异性,这种差异经PCR扩增后,被放大到可检测程度。因此SSR构成了另一种标记系统。

一:仪器:PCR仪电泳仪

二:试剂:SSR试剂盒电泳试剂

三:操作1:总DNA提取操作同实验一


2:PCR扩增模板DNA50ng第一轮扩增参数第二轮扩增参数

10×PCR缓冲液1.5ul95℃1min 95℃1min

25mM氯化镁1.5ul 65℃1min 55℃1min

10mMdNTP 0.5ul 72℃1min 72℃ 1min

SSR上下游引物各50ng第一轮13cycle,复性温度从第三循

5u/ulTaq酶0.15ul 环开始每一循环降低1℃直到55℃,

加水至15ul 第二轮30 cycle

3:电泳检测测序胶电泳,EB或龈染操作同前面实验。

附录

1:核酸浓度的测定

1.1分光光度计法

将核酸样品溶于TE缓冲液中测定和OD280,根据经验数据判定DNA浓度,一般OD260=1时,双链DNA样品的浓度为50ug/ml。

1.2电泳法
将已知浓度的标准DNA样品成梯度稀释,将此成浓度梯度的标准样品与未知样品在同一块胶上电泳,显色后,找出与未知样品亮度相当的已知样品带,此已知样品的浓度即相当与未知样品的浓度


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