引物设计是用mRNA和其内部的CDS为模板都可以吗
mRNA和CDS的序列是一致的，只不过是RNA和DNA的U和T的区别。
PCR是合成DNA，当然是用CDS了。CDS是编码序列，染色体的DNA是体内转录后剪切才表达，构建质粒的DNA在体外细胞内培养剪切不了。
酶切位点的选择是根据构建质粒所用的载体上的酶切位点，和CDS上的酶切位点决定的。
原则是：1.选择载体上位置相差不少于6个碱基的两个酶切位点，
2.两种酶要有最适缓冲液，
3.两种酶不是同尾酶，即不能切相似的序列，
4.两种酶最好比较常用，这样价格不贵，容易买到，
5.最后也是非常重要的，要选择目的基因即CDS上没有的酶切位点，这个可以在Google搜索Web cutter 2.0这个网页，输入CDS序列，查看CDS上的酶切位点，选择可以使用的酶切位点。
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