2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验（六）
( 18 ) 当移动鼠标到两个链接的蛋白点之一上时，与这个点链接的每个点的十字标记的颜色都变成橙色 （在另一块胶上有一个匹配的蛋白点）。当鼠标点到这些点中的一个时，只有包括在同一个网络中的点显示橙色（ 图 23-12)。你可以通过声明一个新的关系，确认这些数据，这样就可以扩大点的网络。
( 19 ) 关闭 DV02121001 凝胶，再重新开启（同时按 Alt p 键，或按照第 3 和第 5 步的描述操作）。
( 20 ) 在 DV02121001 凝胶中寻找 1757 号蛋白点（按照第 7 步描述操作）。
( 21 ) 同步显示这两个凝胶图像（按照第 8 到 10 步中的描述操作）。
( 22 ) 确定 ident 显示方式是被激活的（见第 5 步 ) 。凝胶信息摘要显示在每一个凝胶窗口的右上角，报告被检测和鉴定过的蛋白点的数目。在 DV02041611 凝胶上，用红十字标记的点代表有 9 个点已被鉴定过。在 DV02121001 ( DLFM 02121001) 凝胶上，尽管有一个点被红十字标记 1386 号蛋白点，但没有蛋白点被鉴定过。这些明显相互矛盾的数据说明了蛋白点的网络设施：DV02121001 凝胶上的 1757 号点是被鉴定出来的 ( 因为已经用红色十字标出），因为它与另一个已被鉴定出来的点关联（在这个实验中先前创建的关系）。然而，在右上角的摘要栏里只报告那些已经过质谱分析的点，这样 PROTICdb 通过自动知识库分析工具更新蛋白点的注释。
( 23 ) 把鼠标移到 DV02121001 凝胶上的 1757 号红点上。鉴定结果以蓝色文本文件输出，意味着这个注释是从另一个相关点的信息中推导出来的。在鉴定结论的上方显示这个特定的关系。
( 24 ) 左键点击 DV02121001 凝胶上的 1757 号红色点。显示点的信息内框。
( 25 ) 完善关系和鉴定目录，关系随着建议的鉴定信息一起报告。出现一个如何得到这个鉴定的警示信息。
( 26 ) 与 DV02041611 凝胶上的 1647 号点进行比对。
3. 量化数据输出
点的量化数据 （面积、峰高或体积）可以列表文件格式输出，而且很容易导入到任何电子制表软件或统计包中。
( 1 ) 访问 PROTICdb 主页，并登录网页。
( 2 ) 开启凝胶浏览器，主菜单—凝胶浏览（见注释 16)。
( 3 ) 从菜单工具栏中，选择 Tools→Projects data export 或同时按 Ctrl d 。 跳出数据输出框（在数据输出之前没必要加载任何凝胶图像)。
( 4 ) 选择你要输出数据的项目。
( 5 ) 选择编号系统（见注释 17)。在一个既定的编号系统内比较那些共享相同号码的蛋白点才有意义。选定了编号系统，就会显示一张数据集表格。每张凝胶的蛋白点的检测方法名称和量化方法名称都会被标示出来。用户可以导出用相同方法处理的数据。
( 6 ) 通过复选相应的内容框，选择将要被导出的数据，然后点击 OK。
( 7 ) 选择面积、体积或峰高。你也可以选择一个缺失数据的代码。点击 OK。
( 8 ) 选择结果导出方法：表格、剪贴板或文件。行显示点，列显示胶（条件）。
