2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库实验（一）
仪器、耗材 DBMS
实验步骤
3.1 PROTICdb 概述
在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作。因此，网页上包含受控词汇或以前加载到数据库的其他数据的组合框。当建立一个新的 PROTICdb 数据库时，受控词汇库是空的，用户可根据需要填充。这将确保一个公认的，如果可能的话，尽可能标准化的词汇表。这对于查询非常重要，因为这可以减少同义词的使用以及错误拼写。
网络界面包括以下 3 个主要内容：主菜单，弹出菜单和工作空间（图 23-1)。“ 用户登录”和当前项目的名称（ 之前选中的项目）显示在 PROTICdb 徽标下方。
数据必须加载到一个 PROTICdb 项目中。不过，有可能要建立一个或多个项目，来满足你整理数据的需要。
这里介绍的练习将基于一个从 http: //cms. moulon. inra. fr /content/view/14/44/ 获得的示范数据集。
3.2 网络形式的数据库建设：梅拉尼 2D 凝胶图像分析结果的上传
为了学习这部分教程，用户首先要创建一个项目，然后装入所有与植物 2D 凝胶相关的信息，特别是那些凝胶图像采集和分析的信息，包括植物培养条件、蛋白质提取过程 、电泳和凝胶图像分析方法。
1. 创建一个新的项目
( 1 ) 访问 PROTICdb 主页，并登录（向你的 PROTICdb 管理员索取个入账户）。
( 2 ) 在主菜单页选择 “ administration” 条款，然后点击上方的弹出菜单中的“newproject” 。“ new project” 表格如图 23-2 所示。
( 3 ) 为新项目填入一个名称，如果需要的话，添加一个定义或评论。
( 4 ) 在列表中选择一个关键词，或者点击 “new /update ” 建立或是修改一个关键词 （见注释 1) 。数据库一开始不包含任何关键词。因此新用户必须输入关键词。为选择标准术语，或试图在实验室水平建立这样的标准提供方便。每一个关键词都可以输入一个定义。建议给出两个 “级别” 的关键词。这可能有助于该项目的归类和检索。例如，第一级关键词可能是一个通用术语，如胁迫，第二级关键词可以更加特指，如冷或干旱。
( 5 ) 点击 “ go . ” 。
如果发生错误，按照操作指南检查并且重新输入新的项目。
2. 项目选择器
要先从 “project selector” 中选择数据，以便把它们安装到新的项目中。这也适用于将来连接到 PROTICdb。
( 1 ) 从主菜单选择 “project selector” 。
( 2 ) 在组合框中选择您的项目。
( 3 ) 提交。
选定的项目即为当前数据库的项目。其名称将在 PROTICdb 徽标下随登录的用户名一同显示。当前项目的概况 （ 植物的数目、蛋白质提取物、凝胶、检测、鉴定）都展示在工作表中。
这时主菜单显示出两个新条目： “ form basd feeding” 和 “ file based feeding” 。这是将数据提交给数据库的两种途径。
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