mRNA的S1作图实验

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mRNA的S1作图实验

2020.8.11

实验材料 mRNA

试剂、试剂盒琼脂糖电泳缓冲液ATP寡聚核苷酸引物多核苷酸激酶缓冲液T4

仪器、耗材离心机分光光度计摇床

实验步骤	一、图片简介二、实验步骤 1. 用1×碱性制胶缓冲液制备1.2%的低融点琼脂糖，并将凝固好的胶在1×碱性电泳缓冲液中浸泡过夜。 2. 将以下试剂混合以制备磷酰化的寡聚核苷酸：（1）20 μl ［γ-³²P］ATP（10 mCi/ml，共200 μCi）（2）1 μl 100 μg/ml 寡聚核苷酸引物（3）25 μl 10×多核苷酸激酶缓冲液（4）4 U T4多核苷酸激酶（5）30℃反应30 min 后，65℃加热5 min 灭火激酶。 3. 将溶于55 μl 水的18 μg 单链模板DNA和9 μl 10×TM缓冲液加入已磷酸化的寡聚核苷酸中，40℃杂交15 min。 4. 加入9 μl 4 mmol/l dNTP混合液和2 μl klenow酶，37℃保温30 min 以延伸寡核苷酸模板，65℃加热5 min 灭活klenow酶后置于冰浴。 5. 加入10 μl 10×限制酶缓冲液和40 U 限制性内切酶，37℃保温45 min 切割探针，65℃加热5 min 灭活限制酶。 6. 加入100 μl 5mol/l 乙酸铵和500 μl 乙醇，-20℃沉淀过夜或干冰/乙醇中放置15 min，在微量离心机中离心15 min，晾干沉淀。 7. 将沉淀物重溶于25 μl 碱性加样缓冲液。加样并在最大电压降为1.8 V/cm 下电泳4 h。 8. 疑胶用X光感光片曝光5 min，冲洗感光片，对比凝胶和感光片，切下探针所在处的凝胶。 9. 将切下的凝胶移入一个微量离心管中，65℃融化，确定体积后，加入等体积的TE缓冲液，再在65℃保温10 min。 10. 加入1 μl 10 mg/ml tRNA和缓冲液平衡酚抽提2次后（不要用酚/氯仿），加入0.1体积的3 mol/l pH5.2的乙酸钠缓冲液及2倍体积无水乙醇沉淀。 11. 沉淀用100 μl 0.3 mol/l乙酸钠重溶，取1 μl 进行切伦科夫计数。 12. 在不多于50 μg RNA中加入5×10⁴切伦科夫计数的探针，调整最终体枳为100 μl，盐浓度为0.3 mol/l 乙酸钠，加入250 μl 乙醇沉淀。 13. 以70%乙醇/30%DEPC处理过的水冲冼，并倒扣在Kimwipes纸上晾干30 min。 14. 重溶沉淀于20 μl S1杂交液，65℃变性10 min，30%杂交过夜。 15. 每个反应中加入以下S1核酸酶反应混合物：（1）150 μl 2×S1核算酶缓冲液（2）3 μl 2 mg/ml单链小牛胸腺DNA （3）147 μl 水（4）300 U S1核酸酶（5）60℃反应30 min，加80 μl S1终止缓冲液以终止反应。 16. 加1 ml 无水乙醇，沉淀。以70%乙醇冼沉淀，在Speedvac蒸发器中干燥5 min。 17. 重溶于3 μl TE缓冲液和4 μl 甲酰胺加样缓冲液，煮沸3 min后，置于冰上。 18. 按下面的提示制备合适浓度的聚丙烯酰胺/尿素凝胶。 19. 在凝胶上加样3~5 μl 进行分析，凝胶放射自显影后确定标记DNA片段的大小。

实验步骤

一、图片简介

二、实验步骤

1. 用1×碱性制胶缓冲液制备1.2%的低融点琼脂糖，并将凝固好的胶在1×碱性电泳缓冲液中浸泡过夜。

2. 将以下试剂混合以制备磷酰化的寡聚核苷酸：

（1）20 μl ［γ-³²P］ATP（10 mCi/ml，共200 μCi）

（2）1 μl 100 μg/ml 寡聚核苷酸引物

（3）25 μl 10×多核苷酸激酶缓冲液

（4）4 U T4多核苷酸激酶

（5）30℃反应30 min 后，65℃加热5 min 灭火激酶。

3. 将溶于55 μl 水的18 μg 单链模板DNA和9 μl 10×TM缓冲液加入已磷酸化的寡聚核苷酸中，40℃杂交15 min。

4. 加入9 μl 4 mmol/l dNTP混合液和2 μl klenow酶，37℃保温30 min 以延伸寡核苷酸模板，65℃加热5 min 灭活klenow酶后置于冰浴。

5. 加入10 μl 10×限制酶缓冲液和40 U 限制性内切酶，37℃保温45 min 切割探针，65℃加热5 min 灭活限制酶。

6. 加入100 μl 5mol/l 乙酸铵和500 μl 乙醇，-20℃沉淀过夜或干冰/乙醇中放置15 min，在微量离心机中离心15 min，晾干沉淀。

7. 将沉淀物重溶于25 μl 碱性加样缓冲液。加样并在最大电压降为1.8 V/cm 下电泳4 h。

8. 疑胶用X光感光片曝光5 min，冲洗感光片，对比凝胶和感光片，切下探针所在处的凝胶。

9. 将切下的凝胶移入一个微量离心管中，65℃融化，确定体积后，加入等体积的TE缓冲液，再在65℃保温10 min。

10. 加入1 μl 10 mg/ml tRNA和缓冲液平衡酚抽提2次后（不要用酚/氯仿），加入0.1体积的3 mol/l pH5.2的乙酸钠缓冲液及2倍体积无水乙醇沉淀。

11. 沉淀用100 μl 0.3 mol/l乙酸钠重溶，取1 μl 进行切伦科夫计数。

12. 在不多于50 μg RNA中加入5×10⁴切伦科夫计数的探针，调整最终体枳为100 μl，盐浓度为0.3 mol/l 乙酸钠，加入250 μl 乙醇沉淀。

13. 以70%乙醇/30%DEPC处理过的水冲冼，并倒扣在Kimwipes纸上晾干30 min。

14. 重溶沉淀于20 μl S1杂交液，65℃变性10 min，30%杂交过夜。

15. 每个反应中加入以下S1核酸酶反应混合物：

（1）150 μl 2×S1核算酶缓冲液

（2）3 μl 2 mg/ml单链小牛胸腺DNA

（3）147 μl 水

（4）300 U S1核酸酶

（5）60℃反应30 min，加80 μl S1终止缓冲液以终止反应。

16. 加1 ml 无水乙醇，沉淀。以70%乙醇冼沉淀，在Speedvac蒸发器中干燥5 min。

17. 重溶于3 μl TE缓冲液和4 μl 甲酰胺加样缓冲液，煮沸3 min后，置于冰上。

18. 按下面的提示制备合适浓度的聚丙烯酰胺/尿素凝胶。