JCI：应用FISH技术检测肿瘤microRNA
霍华德•休斯医学研究所(HHMI)的研究人员通过微调荧光探针的设计以及RNA固定技术，开发出一种检测和定量肿瘤活检样本中microRNA分子的方法。这种新的荧光原位杂交(FISH)技术实现了肿瘤类型的鉴定。《The Journal of Clinical Investigation》杂志近日刊登了这一成果。
文章的通讯作者，霍华德•休斯医学研究所的研究员Thomas Tuschl认为：“之前人们开发出RNA FISH方法，但它存在很多问题。我认为这篇文章是一个新的基础，说明过去许多观点是错误的，但没有化学家进入这一领域，真正优化这些方法。”
对于microRNA的检测，实时定量PCR等方法较为常用，但会抹去组织样本中宝贵的空间信息。在 FISH技术中，荧光探针与特定RNA或DNA序列结合，产生荧光，可通过显微镜检测。由于许多癌症包含独特的microRNA或microRNA组合，故这些分子的检测也许有助于癌症诊断。然而，应用FISH技术来检测肿瘤microRNA却一直进展缓慢。
研究人员从福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)的组织样本中获得了低水平的荧光，推断是RNA降解影响了结果。然而，Tuschl领导的研究小组在实验前后测定了样本中的核糖体RNA，发现信号弱并非由于RNA降解。实际上，microRNA未正确固定，且探针也未充分优化。
于是，Tuschl的同事Pavol Cekan设计并检验了不同版本的探针。他发现，最好使用一个与半抗原相连的较长接头，这样的探针放大后可获得强的荧光信号。而市售的产品通常不起作用，因为接头太短。
为了评估Cekal的探针，洛克菲勒大学的研究人员Neil Renwick检验了这种新方法是否能区分两种组织形态相似的皮肤癌：基底细胞癌(BCC)和梅克尔细胞癌(MCC)。每种癌症都有一个独特的microRNA，便于判断。
利用5个BCC肿瘤和13个MCC肿瘤中的两种关键microRNA水平，研究小组正确鉴定出每个样本的肿瘤类型。
如今，Tuschl和Cekal已增加了每次能检测的RNA数量。他们在一个实验中同时测定7个RNA以及DAPI，即8种荧光。Tuschl表示：“这仅仅是开始。我们利用rRNA探针的对照实验说明了这也能转换到其他RNA。”
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