PCR实验之前的准备工作
1. 判断引物序列好坏
使用软件设计出来的引物，一般都是比较中规中矩的。但也不能简单的认为软件设计出来的引物就一定没问题。最好还是要分析一下的。现在很多DNA类的软件都有判断引物好坏的功能。以软件DNAstar的PrimerSelect为例。判断引物序列好坏的指标主要有3个：
1.1 Self Dimers（自聚体）
1.2 Pair Dimers（二聚体）
1.3 Hairpins（发夹结构）
很多软件都有这样的功能，可根据你的引物序列来判断引物的好坏、给出评分。当然，这个分析仅是在理论上，供参考的。有时软件认为“不好”的引物对，比如犯了以上三个禁忌之一甚至全部三个，但实际做实验也能做出来。
2. 先做个常规PCR。
对，你没看错，是常规PCR。建议您使用与qPCR相同的循环参数，去跑个常规PCR。不必使用所有的样品，只用少量样品，但所有的引物建议都用。实验结束后跑个电泳，看目的条带是否足够亮，是否单一，是否有杂带。如果有杂带（比如引物二聚体），说明这对序列可能不太好。需要重新设计、更换序列，或者调整一下PCR循环参数，找到合适的参数后，后面做qPCR时就可作为参考。
3. 也可以直接用qPCR做个小型预实验。
同样是使用少量样品，但建议使用全部引物。实验结束后检查扩增曲线、尤其是熔解曲线是否正常。这样可能判断你的样品DNA浓度是否在合理范围内、引物设计是否完美。
推荐
