蛋白质组学发文章的四重境界(二)
译文:细胞+基因芯片+iTRAQ+WB+功能验证。遥想当初,很多老师意气风发砸钱做芯片,数据堆积如山,一脸懵逼。然而如今世风日下,基因芯片灌水发文章很难上5分,怎么将课题继续下去?其实芯片数据结合蛋白质组学可以玩出新花样,比如下面这篇:
Cheng DD, Yu T, et al. MiR-542-5p is a negative prognostic factor and promotes osteosarcoma tumorigenesis by targeting HUWE1. Oncotarget. 2016. (IF=5.0)
作者甚至没有临床样本,只在细胞水平通过miRNA芯片找到功能miRNA,随后干扰miRNA,做细胞水平的iTRAQ,找到了miRNA的作用靶点,并进行了WB验证,最终做了简单的功能验证,影响因子5.0分。
此外,在5分这一档上,还有个iTRAQ灌水小神器:SCIENTIFIC REPORTS杂志(IF=5.2)。其中的蛋白质组研究套路非常简明:临床样本+iTRAQ+数据分析+WB/IHC+功能验证。对于经费紧张的老师,这是目前发5分文章性价比最高的方案之一。
译文:临床样本+ iTRAQ + WB/IHC +功能验证+临床相关性。转化医学的轮回,就是从临床出发,再回到临床。若要将研究档次再上一层楼,从5分向10分攀登,必然要回到大量临床样本的验证中,将新发现的Biomarker的临床相关性予以证实。下面这篇文章,若能在分子机制上略加探索,分数再上一层楼绝不是问题:
Chiung HH, Chia WH, et al. Identification and characterization of potential biomarkers by quantitative tissue proteomics of primary lung adenocarcinoma. Mol Cell Proteomics. 2016.(IF=5.9)
此时,发文章已经不再是唯一的目标,找到更有临床价值的Biomarker,做成诊断试剂盒,申请ZL,开公司,走上人生巅峰将不再是遥不可及的梦想。
译文:临床样本 + iTRAQ + 蛋白质组对基因组的深度注释。第四重功法变化多端,突破10分之后,每一项研究都饱含了深思熟虑,无法简单重复,只可意会不可言传,这里只能略举一例:
Mertins P, Mani DR, et al. Proteogenomics connects somatic mutations to signalling in breast cancer. Nature. 2016. (IF=38.1)
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