重磅!布鲁克宣布收购IP2蛋白质组学软件

2020年10月01日 13:56:59 来源: 布鲁克
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  2020年9月30日,布鲁克对外宣布最近收购了IP2(Integrated Proteomics Pipeline)搜索引擎和蛋白质组学工作流程软件平台。IP2搜索引擎由美国Scripps研究所John Yates III教授与Robin Park、Tao Xu博士共同创立Integrated Proteomics Applications Inc公司开发,交易的财务细节暂未下透露。

  产品亮点

  基于GPU计算的IP2 (Integrated Proteomics Pipeline)为4D-蛋白质组学提速

  IP2专为timsTOF®蛋白质组学平台打造”Run&Done”实时数据库检索功能

  IP2为基于GPU计算的蛋白质组学搜索引擎,通过此次收购,进一步增强了布鲁克支持CCS识别的4D-Proteomics™工作流程,基于GPU计算可大幅提高数据处理速度,更充分的利用分子CCS(碰撞截面积)信息,这能在多个方面为“shot-gun”蛋白质组学流程带来提升,比如可以为定量蛋白质组学带来更好的数据完整性,提高蛋白质和PTM鉴定和定量的可靠性。布鲁克的新型timsTOF质谱系统在PASEF模式下有超过 120 Hz扫描速度和近100%的离子利用率,特别适合使用GPU在多线程并行操作中进行实时数据库搜索。

基于GPU计算的IP2将数据处理速度提升百倍

  布鲁克生命科学质谱执行副总裁Rohan A. Thakur博士说:“与IP2团队和John Yates实验室合作是增强布鲁克生物信息学和4D-蛋白质组学功能的绝佳机会。高通量蛋白质组学要求搜索引擎具有前所未有的性能,其中包括降低大数据的错误发现率,这将造福蛋白质组学研究和转化医学研究社区。我们也很高兴地宣布,在加利福尼亚州圣迭戈成立了以蛋白质和数据科学为重点的布鲁克生物信息学团队,该团队由Robin Park领导。Robin将继续与John Yates实验室密切合作,与布鲁克开放蛋白质组学软件的合作伙伴共同开发新功能。”

  “我们非常高兴与布鲁克合作,共同建立支持CCS的生物信息学平台”John Yates教授补充道。“还有些生物学问题质谱还不能回答,创新的软件工具是解决这些问题的必要条件。timsTOF Pro的离子淌度功能和稳定性为Bottom-Up蛋白质组学带来独特的能力,可用于更多未知疾病研究。例如,我们当前的研究重点是加深我们对与脑部疾病有关蛋白质的了解,包括阿尔茨海默氏病(AD)和自闭症谱系障碍(ASD)等。”

  布鲁克蛋白质组学副总裁Gary Kruppa博士说:“ timsTOF迎来了快速纳升LC(nano-LC)时代,每个仪器、每天可分析超过50个4D-Proteomics™样品,但现在的瓶颈是数据分析。通过独特的IP2搜索引擎,人们能够在大数据中对海量数据进行搜索,使用'Run&Done'实时功能,在获取大数据集后立即提供蛋白质组的结果。此外,借助IP2,我们希望能够建立一种新的模式,将timsTOF采集、搜索结果作为实时反馈信息,迅速获得目标蛋白质完整的定量结果。最后,IP2为我们的其他蛋白质组学软件合作伙伴提供了一个接口,缩短他们的获取检测结果的时间。”



本文来源: 布鲁克
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