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变性梯度凝胶电泳实验(二)

2020.4.23

实验过程

1、将两块玻璃对齐放入电泳支架上(带缺口的玻璃缺口朝上并位于内侧),旋紧固定螺丝并夹好夹子。注入去离子水,检测是否漏水后倒出去离子水。

2、配制高变性剂浓度凝胶溶液和低变性剂浓度凝胶溶液,在灌胶前加入适量的10%过硫酸铵溶液和TEMED作为聚合引发剂和催化剂并充分混匀。关闭梯度混合仪的两个阀门,将高浓度变性剂凝胶溶液加入梯度混合仪靠近出口的一端,将低浓度变性剂凝胶溶液加入另一端,并打开磁力搅拌器。

3、先打开梯度混合仪出口端阀门,待液流稳定无气泡时将针头插入两块玻璃缝隙中部,接着打开梯度混合仪中间阀门开始灌胶。

4、待凝胶灌至距上端1.5cm处时停止灌胶,加入1mL去离子水液封胶面,待凝胶聚合后,配制不含变性剂的0%凝胶,用移液器灌胶,插好梳子,待凝胶完全聚合。

5、拔出梳子,将电泳支架放入恒温电泳槽,将各个PCR产物与Loading buffer混匀,然后用微量上样器吸取样品并加到各个上样孔中(每个孔的DNA含量为500-800ng,PCR产物在琼脂糖电泳时与Marker比较计算其大概含量,使得梯度变性胶每个孔样品中的DNA含量尽量一致)。 一切就绪后,准备开始电泳,电压设定为第一阶段60V,时间1h 第二阶段100V,时间16h,电泳仪全自动定时分段编程。

6、电泳结束后,拿出电泳架取出玻璃,将一侧玻璃揭去,用EB或SYBR Green染色30min后取出凝胶,置于凝胶成像仪中拍照。

注意事项

1、实验中提取DNA,以及DGGE操作中接触到得较多易挥发有机试剂和有毒试剂,操作过程中须注意做好防护。

2、胶浓度根据PCR产物片段长度选定,一般150-400bp的选用8%的胶,400bp以上的选用6%的胶。

3、变性剂浓度范围根据文献报道并针对具体样品做适当调整,使最终条带位于变性胶中部。

4、引发剂和催化剂的具体用量可以根据气温以及实验人对聚合速度的要求等具体实验情况进行调整,文档表格中列出的是参考用量。

5、配胶用的玻璃板须洗刷干净,避免杂质引起气泡等影响凝胶的一体性,加入凝胶液之前须注意检查玻璃板是否漏水。

6、拔取梳子的时候要注意切勿破坏上样孔,可先将凝胶放入电泳缓冲液中浸泡,然后拔取。

7、电泳槽中提前装入1×TAE缓冲液21L,温度设置为60°C,插上电极和缓冲液循环管,预热电泳缓冲液。


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