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布鲁克·道尔顿公司 潘晨松 应用技术支持工程师
布鲁克·道尔顿公司的潘晨松应用技术支持工程师在报告“全力打造基于质谱的科学工具”中，通过为客户进行的实际样品分析实例讲解了micrOTOF-QⅡ液相色谱四级杆飞行时间质谱仪的功能和分析方法。
潘工程师介绍，micrOTOF-QⅡ是一款全方位应用于小分子、天然产物、药物、蛋白及代谢组学和蛋白质组学的质谱仪。具有宽范围超高分辨、超高质量精度(<2ppm)、可进行真实同位素峰行测定(SmartFormula™软件结合)、超快速、质量准确度长时间稳定的特点。其中，是布鲁克·道尔顿公司的ZL技术，考虑了同位素峰形、各同位素峰的影响，因此在分子式鉴定中具有更高的准确性。
接下来，潘工程师通过7个应用实例与大家分享了使用micrOTOF-QⅡ的方法和心得。这7个实例分别为：1)化合物结构分析机器裂解规律；2)有机合成产物的检测和验证；3)未知化合物的鉴定；4)多目标物的筛查；5)代谢产物研究；6)代谢组学研究；7)蛋白及蛋白组学的研究。
下面详细介绍几个具有代表性的实例：
应用实例一：化合物结构分析机器裂解规律
对于已知的化合物分子式和结构式，用micrOTOF-QⅡ分析时，首先直接进样，通过质荷比和同位素峰形确认样品。接着通过二级质谱得到碎片峰，解谱后，通过SmartFormula™便可得到母离子和碎片离子的分子式，结合化合物结构可知每个化合物是如何产生的，进而确定化合物裂解规律。
应用实例二：未知化合物的鉴定
对于中药提取液、体液等复杂样品，通常需要对其中感兴趣的成分进行定性。用micrOTOF-QⅡ的具体分析过程如下：首先用液质联用分析复杂样品，接着把色谱峰对应的质谱峰提取出来，利用SmartFormula™通过准确质量和同位素峰推断化合物可能的分子式，通过在相关数据库中搜索完成定性。
应用实例三：蛋白及蛋白组学的研究
对于蛋白这类大分子，直接进样通常很难完成分析，这主要是因为一方面商品化的蛋白不够纯（通常为电泳纯或色谱纯），质谱图中可以看到很峰；另一方面蛋白分析时经过分离、纯化引入大量的盐和小分子且样品损耗显著。故在用质谱分析纯蛋白时，仍建议用反相色谱柱分离后分析，可有效地脱去杂质盐。在色谱柱方面，要想得到较“漂亮”的蛋白峰，需选用孔径较大的C4/C8柱，比如大于1000 A的效果会非常好，至少要大于300 A。
Shotgun是一种完全基于质谱的蛋白鉴定模式，也是目前的研究热点，它将混合蛋白酶解后用LC/MS/MS法分析，数据库检索后鉴定蛋白。该方法可以一次给出很多蛋白信息， 通量高， 但在过去，用离子阱类的仪器虽然可获得很大的信息量，但随之出现了更多的假阳性问题。 现在新的方向是利用高分辨质谱（比如用micrOTOF-QⅡ）研究，可通过准确质量测定减少假阳性。
Shotgun模式下，首先混合蛋白一起酶解，之后通过色谱分离成肽段，肽段进入质谱得到二级谱，通过谱库搜索鉴定肽段，进而鉴定蛋白，得到下图所示蛋白信息。
Shotgun模式分析蛋白得到的蛋白信息
图中红色为通过质谱鉴定的肽段，未鉴定的可得到蛋白的理论序列。遗憾的是，由于数据库不完整以及存在蛋白修饰等原因，Shotgun模式鉴定蛋白得到的是理论序列，它可能仅仅代表了所测蛋白的一种同系物，而不是这个蛋白本身。
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