清华大学Nature子刊发布mRNA研究新方法
来自清华大学、哥伦比亚大学的研究人员报告称，他们开发出了一种叫做mRIN的新方法，可用于直接评估来自大型RNA测序数据全基因组及基因特异性mRNA的完整性。这一重要的研究成果发布在8月3日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。
哥伦比亚大学系统生物学系助理教授张朝林（Chaolin Zhang）是这篇论文的通讯作者。清华大学自动化系的张学工（Xuegong Zhang）教授及博士生冯会娟（Huijuan Feng）是这篇论文的合著作者。文章的第一研究机构为清华大学。
mRNA测序(RNA-Seq)可以前所未有的深度、分辨率和覆盖度为我们提供数字基因表达谱。当前公共数据库中的RNA测序数据集数量呈指数扩增，为研究基因表达调控提供了空前的机会。
要获得可靠及可重复的RNA测序数据，RNA的质量至关重要。在收集样本准备提取RNA的过程中或之前由于组织坏死使得RNA发生降解是获得高质量RNA的一个重要挑战，临床及现场研究中所收集的样本尤其存在这一问题。
比如，BrainSpan和基因型-组织表达（Genotype-Tissue Expression， GTEx）项目等人类转录组研究便依赖的是死后组织。有研究表明死亡时间和诸如缺氧等细胞应激源可以对RNA完整性造成显著的影响。由于降解的RNA样本会导致生成不同的具有潜在偏倚的表达谱，质量控制成为了挖掘这些数据时一个特别重要的环节。
在这里研究人员报告称，他们开发出了一种叫做mRIN的新方法，可在样本及单基因水平上直接评估来自RNA测序数据的mRNA的完整性。他们系统地分析了由不同的研究联盟生成的人类脑转录组大规模RNA测序数据集。分析结果证实由于死后组织中部分RNA碎裂导致的3′端偏倚（3′ bias）可对整个表达谱造成显著的影响，mRIN有效地鉴别出了mRNA不同水平降解的样本。此外，研究人员还在死后样本中意外地发现了一个可重现的、基因特异性mRNA降解元件。分析结果揭示转录物稳定性与不同的功能团和结构特征有关。
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