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肿瘤NGS大panel检测的标准化及研究进展(一)

2021.6.23


2016年,JCO报道的研究显示,肿瘤NGS大panel检测相较于单基因热点检测以及NGS小panel检测来说,更加全面,能够准确的将患者分层至最佳治疗路径。反观单基因热点检测和NGS小panel检测,则可能因漏检导至患者错失最佳的治疗方案。1


TMB作为近几年免疫治疗疗效敏感性评估的关键生物标志物,已成为临床基因检测的标配,但其检测评估必须使用NGS大panel(>300基因或>1.0Mb),小panel到大panel是精准医疗发展的必然趋势。2


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▲ TMB的发展历程



2017年,FDA相继于11月认证(FDA-cleared(510K),二类)和12月批准(FDA-approved,三类)了MSK-IMPACT(468基因)和F1CDx(324基因)两款NGS大panel产品;2019年11月,FDA认证 Omics Core NGS大panel产品(19,396基因);2020年4月,FDA认证PGDx Elio Tissue Complete NGS大panel产品(507基因);2020年8月,FDA批准了F1LCDx首个液体活检NGS大panel产品(324基因,报告311基因);以上所有FDA认证/批准的NGS大panel产品均可检测TMB或bTMB,并且F1CDx已于2020年6月正式获FDA批准成为免疫治疗药物K药的泛实体瘤伴随诊断。


在美国,基于肿瘤组织或血液的NGS大panel检测标准已非常成熟。此外,美国通过FoCR的TMB评估计划(商业细胞系)建立了为临床研究输出TMB评估推荐的标准规范。


在中国,目前还没有基于肿瘤组织或血液的NGS大panel产品获批,虽有多家肿瘤基因检测公司正在积极注册申报NGS大panel,但仍缺乏相应的标准化,尤其是TMB的检测评估标准化。


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▲ TMB检测的IVD转化之路

中国肿瘤NGS大panel检测的标准化亟待解决,下面跟大家分享中检院 曲守方 研究员带来的“肿瘤大panel检测的标准化及研究进展”。(PPT内容来源于CSCO 2020线上卫星会,供大家参考)3


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肿瘤免疫治疗相关生物标志物是非常复杂的,有敏感的标志物:PD-L1高表达,MSI-H,TMB-H,TNB-H等;有耐药的标志物:HLA等位基因杂合性缺失,B2M突变等;有超进展的标志物:MDM2扩增,MDM4扩增,DNMT3A突变等。


TMB与新抗原呈正相关,其与肿瘤微环境和周围的抗癌T细胞增加密切相关,因此可作为免疫检查点抑制剂生物标志物。


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