九大测序平台对比（一）
1.sanger
企业：Life Technology
推出时间：1977年发明，1986年第一台商业化测序仪
主流型号：3730XL
样品要求：PCR产物：浓度≥50ng/ul 体积≥10ul；质粒：含量≥5ug；菌液：体积≥1ml。
测序原理:
双脱氧链终止法：Sanger法测序的原理就是，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之扩增，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)使之终止。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止，终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几个至千以上个，相差一个碱基一系列片断。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。
文库制备:无需建库，提供质粒、菌液、PCR产物等均可以
模板制备:PCR扩增
读长:500-1000bp
测序通量:
四种测序方式的每天通量：
短片段测序36cm36min500bp 1,728,000bp/day；
快速测序36cm60min700bp 1,440,000bp/day；
标准测序36cm90min800bp 1,113,000bp/day；
长片段测序50cm120min1100bp 1,002,000bp/day。
(36cm指毛细管长度，36min指一次反应时间，500bp指一个反应的读长；)
时间/run:36 min-2 hours
碱基精确度:99.999%
变异检测能力(DNA重测序方面):
heterozygous insertions and deletions,microsatellite, SNP, AFLP, T-RFLP,and LOH analyses
AFLP：扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism),；
T-RFLP：限制性片段长度多态性（terminal restriction fragment length polymorphism）；
LOH analyses：杂合性缺失（Loss of Heterozygosity）；
成本:$95,000 per machine, about $4 per reaction, 800bp per reaction,
数据格式:*.bcf ； *.abl
分析软件:
数据收集软件Data Collection v2.0 (随机提供)
Manages your instrument setup, controls instrument operations, allows real-time data visualization, and performs diagnostics. New features include:
- Auto-analysis with GeneMapper® v3.5 and SeqScape® v2.1
- FDA 21CFRpart 11 compliance (for US customers)
- Flexibility to use any choice in dye set option
- Additional optimized sequencing run modules covering more applications
序列分析软件Sequencing Analysis v5.1
Designed to base-call; assign quality values; trim, display, edit and print DNA sequencing data using the KB basecaller
序列拼接和比较基因分析软件Seqscape® v2.1
Provides everything you need to perform resequencing applications such as VariantSEQr™ Resequencing System
自动化基因片段分析软件GeneMapper® v3.5
Enables configurable, automated allele calling -- a plus for high-throughput genotyping and includes tools for SNPlex™ data analysis
SNP分型数据管理软件BioTrekker™ v1.0 (optional data-mining tool)
Provides a fast, powerful way to search for, retrieve, and manage millions of genotypes
优点:测序金标准，读长长
缺点:通量低，成本高
经典案例:Sanger测序属于测序技术的金标准，文章众多
备注:鉴于测序本身方法的局限，测序引物后10bp～40bp无法保证准确
