大样本量SNP鉴定神器MassARRAY之技术特点、实验流程
老美大当家的奥大叔似乎并不愿悄悄离去，在其任期最后一年又搞了个大动作。年初，奥叔在对国会发表的国情咨文中宣布将发起一项寻找癌症治愈疗法的“登月计划”，并任命二当家的拜登为该项目负责人。此外还有两项分别由个人（陈颂雄）和医院（美国MD安德森癌症中心）发起的癌症“登月计划”，可见老美此次是倾全国之力向癌症发起挑战。
所谓“登月”，肯定不是把患者拉到月亮上面让嫦娥姐姐给治治，而是指攻克癌症所面临的巨大挑战，这是一个将要经历重重困难，且需长期坚持的过程，一如当初人类排除万难成功登月，借此寓意我们最终将会打败癌症这个大魔头。如今，我们的长征七号火箭成功发射，五星红旗插上月球指日可待，中国的肿瘤研究登月征途时不我待！
美帝癌症“登月计划”具体如何实施现在尚不明朗，小道消息称明年会有10亿刀（妈蛋！好多小钱钱）投入该项目，主要集中在免疫治疗，基因组学和联合治疗等几个方面。这下有人毛了，这不，来自Inova Schar癌症研究所的Thomas P. Conrads与乔治梅森大学的Emanuel F Petricoin五月份在CCR上发文表示，希望人们对于蛋白质组学在精准医学，特别是癌症中的重要性投入更多关注。虽然对于癌症“登月计划”表示十分赞同，但是他们认为这项计划不应仅以基因组学为重点，蛋白质组学也是非常重要的一个方面。
用他们的话说就是：基因组只进行信息的存档，蛋白质才是真正执行细胞活动的执行者。并且蛋白质构成了大多数用于癌症检测的生物标记物，还组成了驱动免疫应答以及细胞内外信息交流的抗原，除此之外，几乎每种靶向治疗方法都以蛋白质为靶向目标。因此蛋白质应当成为癌症登月计划的一个重要研究方向。黄博很腹黑的把它翻译了一下：尼玛！说好的雨露均沾呢？这么大块蛋糕，可不能让那帮玩基因组的独吞喽，咱也得分一杯羹啊，到时候功成名就，当上CEO，迎娶白富美，走上人生巅峰，哇咔咔咔，光想想就好兴奋……
话说回来，他们是有底气这么说的，虽然癌症发生基本都是基因层面产生突变（Genotype），在此癌症可以视作一种表型（Phenotype），但连接Genotype和Phenotype的是直接行使功能的蛋白质，癌症的发生过程中必然会有很多蛋白的表达或是修饰发生变化（Proteotype）。因此只有研究清楚癌症发生过程中的蛋白质组的变化，将Genotype-Proteotype-Phenotype这一条线完整的串联起来，才能为人类最终在临床上干趴癌症大魔头提供最有价值的战略指导。
例如，在2014年9月的一篇Nature（Proteogenomic characterization of human colon and rectal cancer）中就第一次综合阐析了人类结直肠癌的“蛋白质基因组学”（Proteogenomic）特征，尽管已经鉴别出了许多与癌症相关的遗传突变，然而对于实际上完成癌症“工作”的那些蛋白质，直到现在分析它们的结构和功能都是很困难的一件事情。作者利用LC-MS/MS串联质谱技术，收集了以往TCGA已确定特征的95个人类结直肠癌肿瘤样本的蛋白质组数据。另外还基于蛋白质含量确定了结直肠癌的5个亚型，其中一个具有不良的预后，蛋白质组学因此可以帮助鉴别出手术后最能够从化疗中受益的患者。这将推动结直肠癌诊断和治疗取得新的进展。
基因组特征关联的结直肠癌亚型蛋白质组
蛋白质组学的研究方法多种多样，在上期已向大家简单介绍了iTRAQ联合串联质谱技术在定量蛋白质组学中的应用（详见6月16日的文章《一篇iTRAQ小文章的血泪史》），这是迄今为止在定量蛋白组学研究中最先进的技术，它能对不同来源的临床样本中的蛋白进行定性和相对定量，具有良好的敏感性、可信性和重复性。后期可以通过IHC、WB及ELISA等简单、廉价的手段对iTRAQ实验筛选出的差异蛋白进行表达水平的验证，再到临床上扩大样本检测，以确定癌症的生物标志物，为我们在探索癌症发病机制、寻找新的癌症临床早诊手段、临床疗效监测、预后评估及癌症生物靶向治疗等方面做出贡献。
应领导要求，本期插播这条新闻，下期咱接着聊iTRAQ，讲一下科学家如何利用iTRAQ完成首个大规模的乳腺癌“蛋白质基因组学”研究。
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