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蛋白质组学发文章的四重境界(一)

2020.5.25

某宝典卷首曰:“欲练神功,必先自宫。”卷尾曰:“即使自宫,未必成功。”这个惨痛案例告诉我们,欲成大事必付出常人难及的巨大代价,然而最终是否成功,仍有很多因素影响,练错一招,走火入魔。临床医生做科研亦如此,白天忙临床已经是一把辛酸泪,还要晚上写文章、申课题,简直是满纸荒唐言。

倘若砸下百万经费就能发CNS,世界和平就不再是梦想,可惜隔行如隔山,纵使柳叶刀旋转跳跃不停歇,一样会落入基因测序的恶性循环;宝贵的临床样本堆积成山,如何修炼科研神功,将之化为文章的金矿?少年郎,陈博见你骨骼惊奇,请收下这部《蛋白质组研究宝典》

宝典总纲:“天之道,损有余而补不足,是故虚胜实,不足胜有余。”陈博给大家强行翻译成大白话:蛋白质是一切生命活动的直接参与者,蛋白质表达的差异将影响到相关的生理功能变化,蛋白质组学研究是揭示疾病相关分子机制的最直接研究手段,iTRAQ技术是最常用的蛋白质组学研究方案。

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译文:样本+iTRAQ+WB。这是最简单粗暴但有效的蛋白质组学研究套路,在临床样本中用iTRAQ找到差异蛋白,经过最基本的数据分析后,进行WB或IHC的验证,发在诸如:Proteomics、Proteome Sci、Plos One等杂志上,屡试不爽。如下例:

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Fang P, Ying H, et al. Dissecting characteristics and dynamics of differentially expressed proteins during multistage carcinogenesis of human colorectal cancer. World J Gastroenterol. 2016. (IF=2.8)

这篇文章用一台5600质谱仪做iTRAQ(目前蛋白质组研究中,主流的高分辨率质谱是QE或5600),在样本中找到3000多种差异蛋白,并做了GO分析、聚类分析、数据统计等最基本的数据分析,最后做了IHC验证,影响因子2.8分。

此类研究周期短、花钱少、文章好发、有深挖潜力,实乃抢时间毕业、赶时间结题的神器!作为接下来一系列课题申请的前期研究,这足以打下坚实的基金申请基础。


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