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做pcr只有二聚体没有目的条带是什么原因

2021.10.22

1.确认在样本中含有目标片段,cDNA这段序列和上下游引物的设计是匹配的,别弄反了
2.确认模板的质量。需要对模板进行OD260/280的检测,以确定模板的完整性和浓度是否符合要求。如果觉得不好弄,就多加点模板再试试。
3.引物本身的互补碱基有多少个?
4.梯度退火的范围是多少?通常Tm值要比引物公司给出的值低3-4度。我曾经最高尝试过70C开始的touchdown PCR,就是从70C开始退火,每2个循环退火温度降低1度,也可以增加扩增的特异性。
5.楼上提到的热启动DNA,有时候需要用热启动酶完成,就是前面需要有一个5-15min的95C处理,激活聚合酶,这种酶在常温下没有活性,不会在进行PCR反应体系配制的时候发生非特异结合。如果不想买热启动酶,还可以将PCR反应体系都加好,除了酶以外,放到PCR仪上进行加热,当溶液加热到90C以上,再打开机器,非别把酶加进去也行。最简便的办法是,在冰上把溶液全部配好,等到PCR仪的温度上升到65度以上,再把管子放进去,也算是热启动了。

其实,如果序列没有什么特别的,只有引物二聚体的话,通常要么是模板,要么是引物设计出问题了。因为体系中没有匹配的序列供引物去识别和结合,只能形成二聚体了。

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